Генриху было чрезвычайно тяжело подчиняться новым ограничениям власти. В 1259 г. он испросил позволения у парламента уехать во Францию. Полтора года он прожил в Париже при дворе Людовика IX и, наконец, уговорил французского короля оказать ему помощь. Папа был всецело на стороне Генриха, так как с установлением нового порядка совершенно перестал получать деньги из Англии. В 1261 г. он разрешил Генриха от клятвы, данной им парламенту, и благословил его на войну с мятежниками. Эта война началась в 1264 г. Сначала успех был на стороне Генриха, и он одержал победу при Нортемптоне. Но в решительной битве у Льюиса Симон Монфор нанес полное поражение роялистам. Сам король, его брат Ричард, многие английские и шотландские вельможи были взяты в плен. Генрих должен был признать все оксфордские постановления Бешеного парламента и согласился, что право занимать государственные должности принадлежит лишь уроженцам Англии. Симон Монфор был провозглашен протектором государства, а фактически сделался некоронованным королём. Однако он понимал, что удержать власть он может, лишь опираясь на все сословия нации. Созывая в январе 1265 г. очередной парламент, он пригласил к участию в нём, кроме прелатов и баронов, также представителей свободных землевладельцев и городов. Этот парламент заключил в марте новый договор с королём и принцем Эдуардом: они признали все перемены государственного управления. Но скоро Эдуарду удалось бежать из-под стражи и поднять знамя новой войны. Все враги Монфора собрались к принцу в графство Глосстер. В августе близ Ивзгэйма произошла решительная битва. На этот раз роялисты одержали победу. Монфор пал в сражении. Погибли или оказались в плену все важнейшие вожди национальной партии. Король Генрих, немедленно освобожденный своими сторонниками, был приведен к войску под звуки военной музыки.

После этого упорная война продолжалась ещё два года, но постепенно сторонники короля восторжествовали во всех графствах. Лондон без боя открыл ворота перед победителями. В 1267 г. при посредничестве легата и графа Глосстера был заключен договор, успокоивший государство. Великая Хартия была восстановлена, противники короля получили полную амнистию, но все стеснительные ограничения королевской власти, введенные в 1258 г., были отменены. В последние годы своего правления старик король усердно заботился о правосудии и о наведении порядка в правительственном хозяйстве. Он соблюдал Великую Хартию, принимал постановления парламента и замещал государственные должности исключительно англичанами.