Все эти меры, кроме установления спокойствия, позволили значительно поднять доходы казны, а это, в свою очередь, многократно усилило королевскую власть. Так, в Кастилии было введено прочное монархическое устройство. Королева имела богатые доходы, могла награждать за преданность и строго карать за ослушание; в государстве водворилось спокойствие, торговля ожила, чеканка дурной монеты прекратилась. Но одновременно с этими положительными достижениями появились первые ростки деспотизма. Началась жестокая борьба с инакомыслием, сначала религиозным, а потом и политическим. Для борьбы с тайными евреями и мусульманами в 1480 г. был учрежден первый трибунал инквизиции. В 1483 г. великим инквизитором был назначен Торквемадо. При нём число инквизиционных трибуналов возросло до 13. В следующие 18 лет было сожжено более 10 тысяч человек; почти столько же лишились имущества и гражданских прав. Кроме того, Торквемадо добился в 1492 г. от королевы повеления о поголовном изгнании всех некрещёных евреев. Не менее двухсот тысяч из них с великими лишениями покинули Испанию. Те, которые предпочли чужбине крещение, постоянно находились под неусыпным наблюдением инквизиции.
В те же годы шло завоевание Гранадского эмирата. Эта война была предпринята по настоянию Изабеллы и почти что против воли её мужа. Боевые действия развернулись в 1482 г. и продолжались без перерыва десять лет. Гранада имела многочисленное мусульманское население, богатство позволяло эмирам содержать большое войско. Здесь было много крепостей, крутых гор и непроходимых ущелий. Поэтому победа далась христианам нелегко. После первых поражений в 1482 и 1483 гг. Фердинанд упал духом и готов был прекратить борьбу. Но Изабелла не желала уступать. Одетая в латы, она разъезжала верхом перед рядами войска, речами и наградами воодушевляла воинов и вельмож. Её стараниями были устроены первые в Европе военные госпитали. За большие деньги она наняла швейцарских наёмников и по их образцу постаралась устроить испанскую пехоту. Вскоре в войне произошел перелом. В 1487 г. была взята Малага. Большую часть её населения обратили в рабов и продали в Африку. В конце 1489 г. сдалась Баса, а в январе 1492 г. капитулировала Гранада. С её падением кончилось владычество мусульман на Пиренейском полуострове, продолжавшееся восемь веков. Покоренные мавры вскоре разделили судьбу несчастных евреев. В 1502 г. все, не принявшие крещения, должны были покинуть страну. Мориски (принявшие крещение мавры) жили под постоянной угрозой смерти. В это время королева была уже тяжело и неизлечимо больна. Но до самой смерти она продолжала твердо править страной: принимала доклады, давала аудиенции, писала указы. Её последние распоряжения касались собственных похорон.
