Аустерлицкая победа дала возможность императору распространить свою власть на всю западную и часть центральной Германии. 12 июля 1806 г. шестнадцать германских государей подписали договор о создании Рейнского союза и избрали своим протектором Наполеона. В случае войны они обязались выставить в помощь Франции 63 тысячи солдат. Эти силы потребовались очень скоро, потому что ни Англия, ни Россия не собирались заключать мир с Наполеоном. Вскоре в войну против Франции вступила Пруссия. 8 октября 1806 г. Наполеон отдал приказ о вторжении в Саксонию, которая была союзницей Пруссии. Под знаменами Наполеона в это время было около 150 тысяч человек. Прусский король Фридрих Вильгельм III имел под ружьем около 100 тысяч. Главные силы прусской армии под командованием герцога Брауншвейгского располагались в районе Йены. Узнав о движении французов, герцог с 50 тысячами солдат поспешил к Аурштедту, оставив под Йеной 38-тысячный корпус князя Гогенлоу. Наполеон принял этот корпус за главные силы прусской армии и решил, что генеральное сражение произойдет в районе Веймара. Он отделил от своих сил 27-тысячный корпус Даву и велел ему двигаться к Наумбургу, чтобы выйти в тыл пруссакам, а сам на рассвете 14 октября бросил против Гогенлоу корпуса Сульта, Ланна, Ожеро, Нея и Мюрата. Пруссаки и саксонцы сначала упорно оборонялись, но в конце концов были опрокинуты и обратились в повальное бегство. Французская кавалерия преследовала бегущих до самого Веймара и безжалостно истребляла всех без разбору. Разгром врага был полным. Лишь ничтожные остатки прусской армии спаслись и сохранили вид солдат. Остальные были перебиты, взяты в плен или разбежались по домам. В то же время Даву под Аурштедтом внезапно столкнулся с герцогом Брауншвейгском Дважды герцог безуспешно поднимал свои полки против врага – французы отбили все атаки и сами перешли в наступление. Разбитая прусская армия стала отступать к Веймару и по дороге столкнулась с остатками корпуса Гогенлоу. Когда стало известно о двойном поражении, паника и распад в прусской армии сделались полными. Никто больше не думал о сопротивлении, и все бежали перед стремительно надвигавшимся Наполеоном. Первоклассные крепости, в изобилии снабженные всем необходимым для длительной осады, сдавались по первому требованию французских маршалов. 27 октября Наполеон торжественно въехал в Берлин. 8 ноября капитулировала последняя прусская крепость – Магдебург. Король Фридрих Вильгельм бежал в Мемель. Вся кампания против Пруссии заняла ровно месяц. Европа, ещё помнившая Семилетнюю войну и героическую борьбу Фридриха II против многочисленных врагов, была потрясена этой молниеносной расправой.

Под впечатлением своего триумфа Наполеон 21 ноября подписал берлинский декрет о континентальной блокаде, которым запретил всякую торговлю и всякие сношения с Англией. Этот указ был разослан во все зависимые от империи государства. Ближайшим следствием его стал тесный англорусский союз. Получив значительные английские субсидии, император Александр I вскоре был готов начать новую войну с Наполеоном. В ноябре французы вслед за отступавшими пруссаками вступили в Польшу. 28 числа Мюрат занял Варшаву. Вскоре сюда приехал сам император. Поляки восторженно встречали его как своего освободителя. Многие надеялись, что он вновь восстановит Польшу, но сам Наполеон относился к этой идее очень прохладно и говорил, что «поляки должны заслужить своё освобождение». На одном из балов, дававшихся в его честь, император увлекся очаровательной восемнадцатилетней блондинкой графиней Валевской. Сначала она отвергла ухаживания Наполеона и отказывалась отвечать на его записки. Супруг её был на пятьдесят пять лет старше её, а сама она была горячей патриоткой. Только после долгих уговоров князя Понятовского (племянника последнего польского короля) она согласилась стать любовницей императора, сопровождала его во время похода в Восточную Пруссию, а потом последовала за ним в Париж.

Война тем временем продолжалась. 26 декабря произошло первое крупное сражение с русским корпусом Бенигсена под Пултуском, закончившееся безрезультатно. Французскими войсками здесь командовал маршал Ланн. Обе стороны готовились к решительной битве. Она произошла 8 февраля 1807 г. под Прейсиш-Эйлау. Бениг-сен построил свою армию по дивизиям в три линии. Осмотрев русские позиции, император приказал корпусу Ожеро начать атаку с фронта, а Нею и Даву обойти Бенигсена с флангов. Но ни одно из его распоряжений не было выполнено до конца. Даву перешел в наступление с большим опозданием и к полудню сумел только потеснить левый фланг русских. Между тем солдаты Ожеро попали под плотный огонь русских батарей и были в большинстве своём перебиты. Сам Наполеон с пехотными полками стоял на кладбище Эйлау в центре схватки. Вокруг него поминутно падали ядра, но император в течение многих часов оставался в этом опасном месте и отдавал приказы через тех редких адъютантов, которым удавалось приблизиться к кладбищу. У его ног лежало несколько трупов офицеров и солдат. Пехотные роты, окружавшие императора, постепенно истреблялись русским огнем и заменялись свежими частями. Наполеон видел, что только личным примером он может удержать своих солдат в этом ужасающем положении. Уже вечером смелая кавалерийская атака Мюрата, поддержан ная гвардией, поправила положение. Русские отступили, и остатки корпуса Ожеро были спасены от окончательного разгрома. Однако полной победы опять не получилось – несмотря на огромные потери (около 26 тысяч человек) Бенигсен отступил в полном порядке. Наполеон, положив до 30 тысяч своих солдат, был так же далек от успеха, как и в прошлом году.

Французской армии пришлось провести тяжелую зиму в дотла разоренной Польше. Повсюду была непролазная грязь. Наполеон отказался поселиться в Варшаве, Познани или Бреславле, где он мог выбрать для себя роскошный дворец. Он останавливался на ночлег в крестьянских избах или даже амбарах и проводил все время в поездках по дальним лагерям, посещал госпиталя и лично контролировал подвоз продовольствия. Ему хотелось своим примером подбодрить солдат в эту тяжелую пору. В одном из писем брату Жерому он писал: «Я ни разу не снимал сапог в течение 15 дней… Мы – среди снега и грязи, без вина, без водки, без хлеба, едим картошку и мясо… бьемся обыкновенно штыковым боем или под картечью… и ведем войну изо всех сил во всем её ужасе…» К маю Наполеону удалось довести численность своей армии до 228 тысяч человек. Ещё 170 тысяч были расквартированы в покорённой Пруссии. Война возобновилась в июне месяце и была на этот раз очень короткой. Наполеон двинулся на Кенигсберг. Бенигсен должен был поспешить на его защиту и сосредоточил свои войска на западном берегу реки Алле возле местечка Фридланд. Рано утром 14 июня наступавший в авангарде французской армии маршал Ланн натолкнулся на русских и послал известить об этом Наполеона. Вскоре подступили главные силы. Бенигсену пришлось принимать бой на очень невыгодной позиции – в центре его расположения находился глубокий овраг и озеро, сзади протекала река. Император ловко воспользовался выгодами своего положения. Сосредоточив против левого фланга русской армии, которой командовал Багратион, корпуса Нея, Виктора и гвардию, он рассчитывал отрезать его от переправ, окружить и уничтожить. Под мощным натиском французов Багратион отступил к Фридланду и по горящим мостам перешел через реку. При этом французская артиллерия нанесла русским жестокий урон. Солдаты правого фланга попали в ещё более затруднительное положение – им пришлось отступать за реку без всяких мостов, вплавь и вброд. Множество солдат при этом утонуло. Почти вся артиллерия была брошена и оказалась в руках французов. Потеряв более 15 тысяч человек, Бенигсен поспешно отвел свою расстроенную армию к Неману и успел отступить за реку до подхода французов. Наполеон стоял на границе Российской империи. Но переходить её он пока не решился. 19 июня было заключено перемирие. 25 июня Наполеон и Александр I встретились на плоту посередине Немана и договорились о предварительных условиях мира. Затем переговоры продолжились в Тильзите, и 8 июля договор был подписан. Александр должен был разорвать отношения с Англией и присоединиться к континентальной блокаде. Условия, которые император продиктовал прусскому королю, были гораздо жестче: Пруссия потеряла все земли на западном берегу Эльбы (на этих землях Наполеон образовал королевство Вестфалию, предназначив его своему брату Жерому) и большую часть польских провинций, объединённых в герцогство Варшавское, которое отошло в личную унию королю Саксонскому. На Пруссию была наложена непомерная контрибуция. До полной её выплаты в стране оставались оккупационные войска. Это был один из самых суровых мирных договоров, когда-либо заключённых Наполеоном. Но зато к своим соратникам Наполеон был неслыханно щедр. После Тильзита он пролил на них настоящий золотой дождь. Мар-шапу Ланну он подарил миллион франков золотом, Нею пожаловал ежегодную пожизненную пенсию в 300 тысяч франков, Бертье – ренту в 400 тысяч, да ещё выдал полмиллиона наличными. Прочих маршалов, генералов и многих офицеров одарил тоже очень щедро деньгами, титулами и поместьями. Все, кто принимал непосредственное участие в боях, получили хорошие пенсии, причем раненые получили втрое больше, чем не имевшие ранений. Эта щедрость, впрочем, ничего не стоила французской казне: все покорённые страны выплатили Наполеону огромные контрибуции, простиравшиеся до десятков миллионов франков; а общий ежегодный доход империи составлял в это время 770 миллионов франков золотом. Немалая часть этой суммы поступала в личное распоряжение Наполеона, и он тратил её по своему личному усмотрению, а то, что оставалось, складывал в подвалы Тюильри. По его собственным словам, в 1812 г. здесь хранились огромные сокровища на общую сумму 300 миллионов франков. Иногда он, по свидетельству Фуше, спускался в этот подвал и осматривал груды золота «с алчным блеском в глазах, который бывает у разбойника при виде награбленного».