Педро отпраздновал свою победу блестящими турнирами и пирами в Тордесильясе и уехал на юг. Он мирно занимался в Севилье рыбной ловлей, когда арагонский адмирал Перельиос, плывший с десятью галерами в Атлантический океан, захватил у Кадиса два генуэзских купеческих корабля. Педро рассердился на это самоуправство у берегов его государства. Он арестовал всех каталонских купцов, живших в Севилье, конфисковал их товары и потребовал от арагонского короля выдачи Перельиоса. Арагонский король отказал Педро в удовлетворении Между двумя государствами началась упорная война. На стороне арагонского короля выступили король Наварры и правитель Марокко. К немуже приехал сражаться против своего брата инфант Энрике и другие бежавшие из Кастилии вельможи. Они бились очень отважно и захватили несколько кастильских крепостей В отместку Педро конфисковал их владения и сурово преследовал их родных. Своего брата, инфанта Федериго, помирившегося с ним, Педро пригласил во дворец и велел забить до смерти палками на своих глазах. В 1359 г., после того как в одном из сражений погиб Гинестроса, Педро приказал казнить двоих младших сыновей Леоноры Гусман, которых уже давно держал в заключении В 1361 г. по его приказу была задушена в тюрьме королева Бланка.
Мария де Паличья ненадолго пережила свою соперницу и умерла через несколько месяцев после неё. В 1362 г. Педро публично и торжественно объявил, что он был повенчан с Марией до брака с Бланкой, и это объявление было подтверждено под присягой многими епископами и другими свидетелями. Вслед за тем Педро представил кортесам сына Падильи. Он был признан законнорожденным инфантом и наследником престола. В случае, если бы он умер прежде отца, право наследования должно было перейти к дочери Падильи Беатрисе. Её сосватали за сына и наследника короля Арагонского. Однако этот брак не состоялся, так как Педро нарушил мир, вторгся в Арагон, взял несколько крепостей и осадил Калатаюду. Эта крепость упорно сопротивлялась и сдалась лишь после долгой борьбы. Весной следующего, 1363 г. Педро вновь пошел в Арагон, овладел Магальином, Борхою, Тарасоною, взял приступом Кариньену, разграбил этот город и перебил множество безоружных людей. Он угрожал самой Сарагосе, но король Арагонский выказал большую энергию, к тому же вельможи и горожане усердно защищали независимость отечества. Встречая на каждом шагу упорное сопротивление. Педро внезапно пошел на Валенсию, быстро овладел Сегорве, Мурвиэдро, подступил, наконец, к самой Валенсии. Король Арагонский вышел навстречу кастильцам. Надо было ожидать решительной битвы, но аббат фенанский убедил короля Арагонского снова заключить мир. Города, завоеванные Педро, остались за ним, он снова обещал отдать Беатрису за наследника арагонского престола. Этот мир не мог быть прочным. В следующем году король Арагонский заключил союз с инфантом Энрике. Энрике был признан законным претендентом на кастильский престол и в награду за помощь должен был уступить Арагону Мурсию и несколько других важных крепостей на кастильской границе, В 1364 г., навербовав множество наёмников, союзники возобновили войну с Кастилией. Дела Педро на этот раз пошли плохо. Его брат Энрике сражался отважно, кастильский флот пострадал от бурь, каталонцы не щадили никаких усилий, стараясь выгнать врага из валенсийских провинций. В 1365 г. Педро был вынужден уйти из арагонских владений. В марте 1366 г. в Калагоре Энрике провозгласили королём Кастилии. Вскоре он короновался в монастыре Лас-Гуэльгас близ Бургоса. Советники предлагали Педро переманить к себе всех наёмников брата, пообещав им более высокое жалование, но он из скупости не принял этого предложения. Между тем вся Кастилия встретила Энрике как законного государя. Города, опираясь на принадлежащее им ещё со времен вестготов право избирать королей, выбрали Энрике на место Педро. Покинутый всеми Педро бежал сначала в Португалию, а потом в Галисию. Вначале дворянство этой провинции изъявило готовность вступиться за него, но когда Педро велел умертвить галисийского архиепископа и его деканов, чтобы овладеть их сокровищами, его прогнали и из Галисии.
Педро бежал в Гиень, бывшую тогда английским владением, к Эдуарду Черному Принцу, сыну английского короля. Он смог захватить с собой самую незначительную часть своих несметных сокровищ; остальные он припрятал в Кастилии или перенес на корабли, которые передались потом его сводному брату. Энрике завладел престолом брата, но власть его ещё не была прочной. Король Арагонский требовал, чтобы он по договору, заключённому с ним раньше, отдал Мурсию. Энрике не соглашался на это, и между союзниками произошел разрыв. Тем временем Педро заключил в Либурне договор с Черным Принцем. Он обещал выплатить ему 500 тысяч флоринов и отдать под власть англичан Бискайю, если они помогут ему возвратить престол. Педро обещал также огромное жалование всем рыцарям и баронам, собравшимся под его знамена. Чёрный Принц согласился помочь кастильскому королю и двинул свою армию в Испанию. Под его началом имелись тогда лучшие в Европе войска, а сам он был выдающимся полководцем. Энрике мог противопоставить ему только 12 тысяч своих кастильских сторонников (наёмников он уже распустил). Решительная битва произошла в апреле 1367 г. при Наваррете к югу от Эбро и завершилась полным разгромом Энрике. Он сам по чистой случайности избежал смерти и спасся бегством, но его брат Сан-чо, а также множество его друзей и сторонников оказались в плену у англичан. Педро утвердился у власти, но принцу этот поход не принес ничего, кроме разочарования. Множество воинов его погибло в сражениях и от болезней, он сам получил в Испании тяжёлый недуг, навсегда подорвавший его силы. Педро, обещавший ему несметные сокровища, не выполнил своего обещания. Английское войско стало во всем терпеть недостаток. Принц не только не приобрел никаких денег, но истратил собственную казну и залез в огромные долги. Печальный и больной он возвратился в Гиень, оставив вероломного Педро наедине со своим народом.
Через пять месяцев после ухода англичан Энрике возобновил войну, при содействии французского короля собрал новое войско и опять напал на Кастилию. Педро был всем ненавистен. Когда Энрике пришел на Эбро, Старая Кастилия восстала и поддержала его. В сентябре он вступил в Калагорру и Бургос. Кордова тоже была на стороне Энрике. Но Толедо и Севилья сохранили верность Педро. В течение года в Андалусии и Новой Кастилии свирепствовала опустошительная война. В 1369 г. сдался Толедо. Педро оставалось прибегнуть к крайним средствам. Он считал спасение Толедо вопросом чести и в то же время понимал, что этот город является ключом ко всей Кастилии. Поэтому Педро, несмотря на малочисленность своего войска, решил сразиться с соперником в открытом поле. Решительная битва произошла близ Монтиеля. Хотя король и проявил личное мужество, армия его была наголову разбита и рассеяна. Только с четырьмя спутниками он ускакал в замок, стоявший по соседству. Энрике осадил его здесь. Пробиться сквозь заслон осаждавших не было никакой возможности, и Педро решил прибегнуть к последнему средству: он вступил в тайные переговоры с командиром наёмников брата Дю-Гекленом и стал склонять его на свою сторону обещанием большой награды. Дю-Геклен пригласил Педро ночью на свидание в свою палатку и дал знать об этом Энрике. Таким образом, ничего не подозревавший король встретил в палатке своего брата. Между ними завязалась потасовка, в которой Энрике нанес сопернику несколько ударов кинжалом. От этих ран Педро скончался на месте. Никто не жалел о его смерти, и большая часть страны незамедлительно признала королём Энрике.
