Нз смену им пришли бесконечные войны с отпавшими нидерландскими провинциями. Национальный и экономический гнет тут был усилен жестокими религиозными гонениями протестантов. В 1566 г. большая депутация фламандских дворян вручила правившей Нидерландами герцогине Маргарите просьбу о смягчении эдикта против еретиков. Когда Филипп отказался удовлетворить это прошение, в Антверпене и некоторых других городах вспыхнули восстания. В следующем году восстания были подавлены, но Филипп решил пойти на самые крутые меры. Он назначил своим наместником в Нидерландах герцога Альбу, который неумеренной жестокостью довел страну в 1572 г. до нового восстания. В следующем году король сместил Альбу, однако было уже поздно. В 1575 г. Голландия и Зеландия объявили о своём отделении от Испании. Фламандские провинции заключили с ними оборонительный союз. Только после ожесточённой войны испанцам к 1585 г. удалось вновь овладеть южными католическими провинциями, но Голландия сохранила независимость.
Важнейшим делом Филиппа на Пиренейском полуострове было приобретение Португалии. Он был ближайшим наследником бездетного португальского короля Себастьяна, однако кортесы медлили признавать его права. В 1580 г. герцог Альба вступил в Португалию во главе большой армии, разбил врата у Алькантары и завладел Лиссабоном. В 1581 г. Филипп приехал в покорённую страну и принял изъявление покорности от своих новых подданных.
Войны Филиппа против Англии и Франции были не так успешны. Собираясь покончить с Англией одним ударом, Филипп в 1588 г. отправил против неё Непобедимую армаду – огромный флот в 130 кораблей, на котором находилось 19 тысяч испанских солдат. Английская королева имела тогда не более 30 кораблей, к которым присоединилось полторы сотни частных судов. К счастью для Англии, страна уже обладала тогда достаточным количеством хороших моряков. К тому же бури и противные ветры сделались грозными противниками испанцев. Едва эскадра вышла из Лиссабона, над ней разразилась страшная буря, разметавшая корабли в разные стороны. Более 50 кораблей испанцы потеряли возле скалистых Оркадских и Гебридских островов, а также в опасных проливах у берегов Шотландии. В бурном море у бесприютных берегов тяжёлые испанские корабли сделались лёгкой добычей быстрых и юрких английских судов. Лишь жалкие остатки испанского флота смогли вернуться в Нидерланды и Португалию. С гибелью Непобедимой армады берега Испании оказались открыты для английских пиратов. В 1596 г. англичане взяли и разграбили Кадис.
Неудачей закончились и войны Филиппа во Франции. Он потратил огромные средства на поддержку Католической Лиги, а после смерти в 1589 г. Генриха III выдвинул в качестве претендентки на французский престол свою дочь Изабеллу. Испанцы начали войну с Генрихом IV, овладели Руаном, Парижем и некоторыми городами в Бретани. Но вскоре как протестанты, так и католики объединились для борьбы с иноземцами. В 1594 г. Генрих взял Париж. В 1598 г. был подписан мир, не давший Испании никаких выгод за Пиренеями.
Это была последняя война из бесконечной череды войн, которые велись в царствование Филиппа и обеспечили Испании господство над половиной Европы. Цена, заплаченная за это, была огромной. Благодаря американским золотым рудникам Филипп был самым богатым из всех христианских монархов. Но золото не задерживалось в его руках. Содержание армий, дорогостоящего двора, подкуп огромного количества тайных агентов во всех странах, а главное – уплата грабительских процентов по прежним долгам, требовали все больших и больших сумм. Испания была не достаточно богата, чтобы расплачиваться за свою славу. При внешнем величии все в ней к концу царствования Филиппа пришло в упадок – и торговля, и промышленность, и флот. Постоянно возраставшие расходы перекрывали все статьи доходов. Ещё со времен Карла V финансы находились в расстроенном состоянии. Филипп принужден был прибегать к самым изощренным средствам для пополнения казны, но она во все время его царствования оставалась пуста. Потребность в деньгах постоянно господствовала над всякими другими соображениями. Не было таких интересов, прав и традиций, которые не приносились бы в жертву для её удовлетворения. Доходы королевства были заложены задолго до их получения. Народ был доведен налогами до полной нищеты. Считается, что в годы правления Филиппа население Испании сократилось на 2 млн человек. Кроме погибших в войнах, эмигрировавших в Америку и бежавших от преследования инквизиции, немалую часть в этой убыли составляли умершие от голода и эпидемий.
Налоги, таможенные пошлины и трудности сообщения убили торговлю и промышленность. На кортесах в 1594 г. говорилось: «Разве можно заниматься торговлей, когда приходится уплачивать 300 дукатов налогов с капитала в 1000 дукатов?» В тех местностях, где прежде изготовлялось 30 тысяч арроб шерсти, теперь потребление шерсти едва доходит до 6 тысяч арроб. По этой причине и вследствие введения налога на шерсть уменьшается число рогатого скота. Земледелие и скотоводство, промышленность и торговля доведены до совершенного упадка; во всем королевстве уже не найдется такой местности, в которой было бы достаточное число жителей; повсюду много домов без всяких жителей; короче сказать, королевство погибает». Таков был печальный итог великого царствования и таковы были результаты усилий, несоразмеримых со средствами страны.
Вскоре после заключения мира с Францией Филипп скончался от подагры, вызвавшей страшные язвы. Предчувствуя скорую кончину, он приказал перевезти себя в Эскуриал. Свой гроб он велел поставить рядом с постелью и дал подробные наставления касательно своих похорон. До конца своих дней он сохранил ясный ум и скончался, устремив свои взоры на Распятие.
