Зависимость ещё более усилилась после того, как Наполеон развёлся с Жозефиной и в апреле 1810 г. женился на старшей дочери Франца, Марии Луизе. Сам Франц признавался позже, что, согласившись на этот брак, он «пожертвовал тем, что было всего дороже его сердцу, для того чтобы предотвратить непоправимое несчастье и приобрести залог лучшей будущности». Император действительно получил немалые выгоды от этого брака. Наполеон, опиравшийся до этого в своей политике на свой союз с Александром, начал постепенно отдаляться от России и сближаться с Австрией.
В русском походе 1812 г. участвовал австрийский корпус Шварценберга. После жестокого поражения Наполеона в России и образования Шестой коалиции Франц и Меттерних не сразу примкнули к ней, а некоторое время выжидали, на чью сторону склонится победа. Только в июне 1813 г. Франц окончательно порвал со своим зятем. С присоединением австрийской армии к войскам коалиции силы союзников возросли настолько, что Наполеон, несмотря на все своё искусство, не мог уже надеяться на победу. Разбитый в нескольких кровопролитных сражениях, он отступил во Францию и в апреле 1814 г. отрекся от престола. Страшная Франция после беспрерывных войн, продолжавшихся четверть века, была наконец побеждена, и роль Австрии в этой победе оказалась одной из важнейших. В течение всего это времени именно Австрия была одним из самых упорных и непримиримых врагов Франции и понесла в этой войне огромные жертвы. На Венском конгрессе в 1814-1815 гг. она получила возмещения, соответствующие её потерям: все отобранные у неё Наполеоном владения были присоединены обратно, после чего Австрия приобрела господствующее влияние в Италии и Германии. Герцогства Моденское и Тосканское перешли к членам австрийского императорского дома. В качестве вознаграждения за Бельгию Франц получил Ломбардию, Венецианскую область и Далмацию. Были возвращены также Тироль, Зальцбург, Галиция и Иллирия.
После 1815 г. император вел тихую размеренную жизнь в кругу своей семьи Он по-прежнему упорно противился всяким преобразованиям. В конце концов вялость и инерция государственного механизма превзошли всякую меру. С большим трудом удовлетворялись только самые насущные потребности.