Занятый этими делами, Фридрих постоянно откладывал свой крестовый поход. Чтобы смягчить гнев папы, император старался идти ему навстречу в других вопросах: он освободил духовенство от податей, объявил, что отлученные от церкви будут подвергаться преследованию светской власти как мятежники, установил более суровые наказания еретикам. Этими важными уступками, а также признанием Тосканы собственностью папского престола, Фридрих выторговывал у Гонория новые отсрочки. Наконец, на конгрессе в Ферентино он дал клятву, что отправится в крестовый поход на Иванов день (24 июня) 1225 г. Нельзя было сомневаться в его искренности, так как к этому побуждала его и личная выгода. После смерти первой жены Фридрих собирался жениться на принцессе Иоланте, наследнице Иерусалимского престола. Таким образом, воюя с мусульманами, он защищал бы от них свои собственные владения. Однако, когда установленный срок наступил, крестоносцев собралось так мало, что Фридрих стал просить новой отсрочки. С глубоким огорчением Гонорий позволил отложить поход на два года. В ноябре 1225 г. император женился в Бриндизи на Иоланте (Изабелле) Иерусалимской. Подобно первому, второй брак Фридриха также был заключен по политическому расчету, а не из любви к невесте. Сразу после свадьбы Фридрих принял титул короля Иерусалимского, назначил Эда, графа Монбельярского, своим наместником в Палестине и потребовал, чтобы палестинские бароны и рыцари присягнули ему в верности. В день свадьбы Иоанн Бриенн, прежний король Иерусалимский, отказался от своего королевского титула. Но затем между тестем и зятем начались ссоры, усугубленные жалобами Иоланты на то, что муж пренебрегает ей и предпочитает законной жене одну из приехавших с ней родственниц, которую он сделал своей любовницей. Император со своей стороны обвинял Иоанна в том, что тот подстре кает к мятежу его сицилийцев.
Между тем, укрепляя свою власть в Италии, Фридрих постепенно втянулся в конфликт с ломбардскими городами. На Пасху 1226 г. он назначил съезд в Кремоне для совещания о крестовом походе и для установления порядка и мира в государстве. Стало известно, что под видом приготовлений к походу в Ломбардию будут стянуты значительные военные силы m Германии. Обеспокоенные этим ломбардцы вновь объединились в Лигу и поклялись всеми силами защищать свою свободу. В мае 1226 г. Фридрих с сицилийскими войсками двинулся в Кремону. Болонья и Фаэнца закрыли перед ним ворота, так что император принужден был располагать свой стан под открытым небом. В то же время ломбардцы заперли все альпийские проходы и не пустили в Италию сына императора Генриха, который с немецкими князьями хотел пройти в Кремону. Съезд, назначенный императором, не состоялся. Фридрих попробовал вступить в переговоры с Лигой, но ломбардцы выставили такие требования, которые ясно показывали, что цель их союза – установить полную независимость Северной Италии. Положение императора ещё более ухудшилось после смерти в марте 1227 г. Гонория III. Новый папа Григорий IX все свои силы направил на подготовку крестового похода и непреклонно требовал от Фридриха исполнения его обета. Летом для участия в Шестом крестовом походе в Апулии собрались толпы пилигримов со всей Европы. Из-за большого скопления людей и страшной жары в лагере вскоре начались повальные болезни, от которых умерли тысячи людей. Наконец, в начале сентября, Фридрих отправил в Сирию большой флот с частью войска под предводительством Генриха Лимбургского. Сам он вскоре двинулся следом, но уже больной. В пути болезнь усилилась. Император вынужден был высадиться на берегу Отранто. Состояние его ухудшилось, и он должен был на некоторое время оставить мысль о продолжении путешествия. Раздраженный новой задержкойУмер похода, Григорий, не обращая никакого внимания на многократные попытки Фридриха оправдаться, 29 сентября в Ананьи произнес над ним отлучение от церкви. В своём окружном послании он перед лицом всего христианского мира обвинил императора в упорном стремлении избежать исполнения обета. Он писал, что по вине Фридриха была потеряна для христиан Дамиетта, что он специально задерживал войско пилигримов в Бриндизи до тех пор, пока оно не стало жертвой повальной болезни и что недуг, которым он старался оправдать нарушение своего слова, был притворным. Во всем этом папа был совершенно не прав. Сначала Фридрих с большим достоинством держался против этих оскорбительных нападок, но потом страстной опрометчивостью ещё более увеличил пламя раздора. Он опять отобрал у папы Анконскую марку и стал поддерживать врагов Григория в Риме. Папа отвечал ему новым проклятьем. В марте 1228 г. он повторил отлучение против Фридриха и прибавил к нему ещё интердикт на каждую местность, где находился император. Он даже запретил гордому Гогенштауфену начинать крестовый поход прежде, чем он не склонится в покаянии перед волею церкви. Фридрих не обратил на это внимания и в июне 1228 г. отплыл из Бриндизи в Сирию.
7 сентября он пристал к Аккону и стал прилагать усилия к тому, чтобы возвратить христианам Иерусалим. Но, в отличие от своих предшественников, он старался достигнуть этой цели не оружием, а искусными переговорами. Положение, в котором он оказался, было очень непростым. Григорий запретил всем сирийским христианам повиноваться приказаниям отлученного императора и начал в Италии войну против Сицилийского королевства. Рыцарские ордена тамплиеров и госпиталитов с самого начала не хотели слушаться Гогенштауфена. Так же враждебно были настроены против него киприоты, остров которых император объявил своим леном. Собственных сил для ведения войны с мусульманами у Фридриха было явно недостаточно, но он ловко воспользовался их раздорами. Ещё прежде чем отправиться в поход, он завязал дружественные сношения с египетским султаном Алькамилом и предложил ему союз против его племянника Анназира Дауда, владевшего Дамаском. В обмен он требовал возвратить Иерусалим. Султан медлил с ответом, и, чтобы усилить свои доводы, Фридрих зимой занял Иоппе. Отсюда он мог постоянно грозить Святому Городу. В виду этого Алькамил пошел на уступки, и в феврале 1229 г. между обоими государями был заключен долгожданный договор. Султан уступил христианам весь Иерусалим, кроме мечети Омара и принадлежавшего к ней комплекса, а также Вифлеем, Назарет и местечки, лежащие по дороге от Иерусалима к Иоппе. Император обещал быть союзником Алькамила против всех его врагов, как мусульман, так и христиан (имелись в виду владетели Антиохии и Триполи). 17 марта Фридрих торжественно вступил в освобожденный Иерусалим. Несмотря на блестящий успех переговоров, враги императора могли найти в этом договоре много причин для неудовольствия. Вместо благодарности и признания Гогенштауфен получил только высокомерное и презрительное порицание. 19 марта в Иерусалим явился архиепископ Цезарейский и наложил на Святые места интердикт. Пилигримов охватила ярость, что «был отлучен город, в котором Господь Иисус Христос был замучен и погребён». Патриарх Иерусалимский Герольд отверг «ложный мир» и призвал крестоносцев к продолжению войны. Когда Фридрих запретил это, Герольд проклял тех, кто исполнял приказания императора и наложил на Аккон интердикт. В то же время фанатичные монахи со своих кафедр изрекали страшные проклятья против развратного сына церкви. В таком состоянии Фридрих должен был оставить Святую Землю. Тревожные вести, приходившие из Европы, заставляли его спешить с возвращением. По отъезде императора из Италии папа Григорий объявил, что освобождает его подданных от присяги и отлучает от церкви всех тех, кто будет защищать его власть. Папские войска начали войну в Апулии, взяли Гаэту и Беневент. Иоанн Бриенн, поставленный во главе папской армии, блокировал все приморские города Апулии и уже надеялся стать преемником сицилийского короля, но в это время в Бриндизи высадился Фридрих.
