19 октября Вильгельм с флотом отплыл в Англию, но сильная буря и противный ветер принудили его возвратиться. Эта задержка привела в уныние его английских союзников, но сам принц отнесся к неудаче с полным спокойствием. I ноября он во второй раз вышел в море. На этот раз ему сопутствовал полный успех. 5 ноября корабли вошли в гавань Торэ, и армия Вильгельма, не встретив никакого сопротивления, высадилась на английский берег. Население встречало её радостными криками. Лондон сильно волновался в ожидании дальнейших событий. Все симпатии англичан были на стороне Вильгельма. Король Иаков пытался бежать, был задержан на берегу рыбаками и переехал в Рочестер. После его отъезда, 18 декабря, Вильгельм торжественно вступил в Лондон. Он благоразумно отказался от короны, которую предлагали ему по праву завоевания, и предоставил решение всех спорных вопросов парламенту. Так как единственный парламент Иакова был избран с нарушением законов, палата лордов созвала 26 декабря тех депутатов палаты общин, которые заседали в последнем парламенте Карла II. Эта палата провела закон о вручении временных полномочий по управлению страной принцу Оранскому и вотировала ему на текущие расходы 100 тысяч фунтов стерлингов. Затем были назначены выборы в новый парламент. Он собрался в следующем году и открыл свои заседания 22 января. 28 января было решено считать бегство Иакова равносильным его формальному отречению. Вопрос о том, кто должен занять вакантный престол, вызвал долгие споры. Все понимали, что реально править страной может сейчас только Вильгельм, но тори очень не хотели провозглашать его королём. Предлагали передать корону его жене Марии. На это Вильгельм отвечал, что никогда не согласится быть слугой своей жены, и если власть не будет вручена ему лично, он немедленно покинет Англию. Ввиду этого тори скрепя сердце согласились, чтобы королевский сан был передан одновременно и Марии, и Вильгельму. Однако правительственная власть вручалась одному Вильгельму и должна была сохраниться за ним даже в том случае, если бы он пережил жену. Затем корону должны были наследовать их дети, а если брак останется бесплодным – сестра Марии, Анна Но прежде, чем вручить власть Вильгельму, парламент принял билль о правах: в нём четко излагались основные начала государственного устройства Англии. В том числе было утверждено, что король без согласия парламента не может вводить и собирать никаких налогов, созывать армию в мирное время, каким-либо образом мешать свободной работе парламента и вмешиваться в дела правосудия, которое должно совершаться свободно и независимо на основе существующих законов. 11 апреля Вильгельм и Мария короновались как английские короли.

Большим достоинством нового государя была его искренняя веротерпимость. Уже в мае он очень благосклонно принял депутацию шотландского парламента, которая сообщила ему о восстановлении в стране пресвитерианской церкви. Вильгельм старался только о том, чтобы в Шотландии не начались гонения на последователей англиканства. Вскоре по инициативе короля был принят «Акт о веротерпимости». Хотя веротерпимость, провозглашенная им, имела весьма ограниченный характер и освободила от преследования лишь незначительную часть диссидентов, все же Акт стал важным шагом на пути к свободе совести. Католики не получили никаких послаблений. но более по политическим, чем по религиозным причинам. Как в Англии, так и в Шотландии сильны были позиции сторонников низложенного короля (их называли якобитами), большую роль среди которых играло фанатичное англиканское духовенство, очень подозрительно относившееся к веротерпимости Вильгельма. Уже в 1689 г. произошли мощные восстания якобитов в Ирландии и горной Шотландии. Летом 1690 г. Вильгельм переправился во главе большой армии в Ирландию. Здесь 30 июля на речке Бойне произошло решительно сражение, в котором англичане одержали полную победу. Дублин сдался без боя. Все имения мятежников были конфискованы, многие из них принуждены покинуть родину. Вильгельм был признан королём во всех трёх частях государства.

В октябре Вильгельм переправился на континент, чтобы вести войну против французов. В феврале 1691 г. он отправился в Гаагу, где происходил большой съезд союзников. Решено было выставить против Франции 120-тысячную армию. Но прежде, чем её успели собрать, Людовик XIV, лично командовавший войсками в Нидерландах, взял Монс, а маршал Люксембург разбил голландскую армию при Лезе близ Турне. В июне 1692 г. французы взяли Намюр, а в августе произошла битва при Стенкеркене, в которой англичане и голландцы опять были разбиты. В июле 1693 г. в кровавой битве при селении Не-рвиндем Вильгельм в третий раз потерпел поражение. Союзники потеряли более 14 тысяч человек и всю артиллерию. Однако победа эта мало что дала французам. Вильгельм быстро оправился. К тому же его противник, маршал Люксембург, вскоре умер. Заменивший его герцог Вильруа сильно уступал ему энергией. В 1695 г. Вильгельм взял Намюр. С каждым годом он все больше зависел от английских субсидий. Чтобы получить их, он принужден был сделать новые уступки парламенту. Так был принят закон о том, что король обязан каждый год созывать парламент и что состав палаты общин должен обновляться каждые три года. Была уничтожена цензура. Министры сделались ответственными перед парламентом, а не перед королём.

В 1697 г. был подписан мир, по условиям которого Людовик XIV формально признал Вильгельма английским королём. Это был важный успех, увенчавший его двадцатипятилетнюю борьбу против Франции, но Вильгельм считал заключённый мир лишь передышкой и хотел вскоре возобновить военные действия. Он мечтал добиться полной победы над Людовиком, однако парламент решительно встал на пути его планов. В 1699 г. депутаты приняли решение о сокращении английской армии до 7 тысяч человек, причем служить в ней могли лишь англичане (до этого армия формировалась в основном из голландцев). Оскорбленный король уехал в свою голландскую резиденцию. Англичане не очень жалели об этом, но дальнейшие события показали, что Вильгельм лучше предвидел будущее. Прошло несколько лет мира, и спор об испанском наследстве стал явно перерастать в новую европейскую войну против Франции. Несчастное падение с лошади и последовавшая затем скоропостижная кончина помешали королю принять в ней участие, но его проекты и его ненависть к французам перешли по наследству к его преемникам.