Весной 1590 г. Генрих подошел к Дре. Герцог Майенский, желая освободить эту крепость от осады, вступил под Иври в бой с королём. По словам Мартена, Генрих бросился в битву с отвагой средневекового рыцаря. В короткий срок армия герцога была рассеяна, и королевские войска преследовали её до самой ночи. Генрих истребил всю пехоту католиков, до 1000 человек конницы и завладел большей частью их артиллерии. Сам глава Лиги бежал без свиты в Мант. Этим сражением был предрешен исход войны. Герцог не решился возвратиться в Париж. Старый кардинал Бурбон вскоре умер, и у католиков не осталось никого, кто мог бы занять его место. Однако военные действия продолжались ещё несколько лет. Генрих подступил к Парижу и начал новую осаду. Вскоре в городе стал свирепствовать голод. Если бы не помощь извне, горожанам пришлось бы на этот раз сдаться. Но испанский король Филипп II, внимательно наблюдавший за ходом дел во Франции, двинул на помощь католикам всю нидерландскую армию. В августе герцог Пармский доставил в Париж продовольствие и принудил короля снять осаду. В 1591 г. Генрих получил значительную денежную помощь от английской королевы Елизаветы, набрал наёмников и стал повсюду теснить католиков. Были взяты Мант, Шатр и Нойон.
В Манте король впервые увидел Габриэль д'Этре, которая сделалась на несколько лет его новой возлюбленной. Впрочем, пишут, что Генрих не сразу добился от неё взаимности. Заметив ухаживания короля, Габриэль уехала из Манта в Пикардию, в замок Кевр. Невзирая на военное время и на то, что лес, окружавший Кевр, был наполнен вражескими пикетами, влюбленный Генрих с пятью товарищами поскакал за ней вслед. Переодевшись крестьянином, с охапкой соломы на голове, он вновь явился перед своей возлюбленной, но та с презрением прогнала его прочь. Тогда Генрих изменил тактику и устроил брак Габриэли с пожилым вдовцом де Лианкуром, которого потом удалил под благовидным предлогом. Габриэль, наконец, сдалась, но была для короля не очень верной подругой.
Тем временем война продолжалась. В 1592 г. Генрих осадил Руан, считавшийся одним из оплотов католической Лиги. Чтобы спасти столицу Нормандии, герцог Пармский во второй раз вторгся во Францию из Нидерландов. Однако до решительного сражения с испанцами опять не дошло. Генрих отступил от Руана, но сохранил сильные позиции в других местах. Было очевидно, что военным путем ни одна из партий не сможет добиться победы. В 1593 г. герцог Майенский созвал в Париже Генеральные Штаты для избрания нового короля-католика. С самого начала депутаты были в большом затруднении: Генрих оставался единственным законным претендентом на престол. Противопоставить ему можно было только дочь Филиппа II Изабеллу (по матери она приходилась внучкой Генриху II). Среди депутатов инфанта имела немало сторонников, но даже самые рьяные из них отдавали себе отчет в том, что поставить во главе Франции женщину, и к тому же испанку, будет нелегким делом. Между тем Генрих поспешил выбить почву из-под своих врагов, объявив 23 июля о переходе в католичество. Надо полагать, он решился на этот шаг не без колебаний, хотя едва ли они носили религиозный характер. Он был достаточно трезвым политиком и достаточно закоренелым вольнодумцем, чтобы, выбирая между вопросами веры и политическими выгодами, предпочесть первые вторым. На упреки своих приверженцев король, по-видимому, шутливо, но на самом деле вполне серьёзно отвечал, что «корона Франции стоит католической литургии» (или в другом переводе: «Париж стоит мессы»). И это было его искреннее мнение. Сомнения вызывали другие соображения: сделается ли он сильнее от перемены религии, останутся ли ему верны прежние сторонники-гугеноты и готовы ли примириться с ним старые враги-лигисты.
Ему не пришлось долго ждать ответа на эти вопросы. 25 июля король в первый раз присутствовал на католической службе в сен-дениском храме, после чего епископ Буржский торжественно объявил о его возвращении в лоно римской церкви. Едва об этом стало известно в столице, многие парижане, несмотря на запрещение герцога Майенского, поспешили в Сен-Дени приветствовать своего короля. Гугеноты, хотя и порицали Генриха за перемену вероисповедания, продолжали держать его сторону, понимая, что этот король никогда не начнет против них религиозных гонений. Герцог Майенский тщетно призывал своих сторонников к оружию и убеждал их не верить «притворному обращению» короля. Его никто не хотел слушать. Города и вельможи постепенно прекращали борьбу, одни добровольно, а другие продавая свою верность на более или менее выгодных условиях. Таким образом Генрих завладел своим королевством «по частям и по клочкам», по выражению Сюл-ли. Он вступил в январе 1594 г. в Мо, который был сдан ему комендантом этого города Витри. Потом получил Орлеан и Бурж от Ла-Шатра и Экс в Провансе от местного парламента. В феврале сдали свой город лионские политики. В Шартре Генрих был торжественно помазан по старому обычаю французских королей и 22 марта без боя вошёл в Париж. Тогда же были окончены переговоры о сдаче Руа-на. Лаон, Амьен и другие города Пикардии, считавшиеся колыбелью Лиги, один за другим открывали свои ворота. Карл Гиз, племянник герцога Майенского, отдал Генриху Шампань. Каждый из таких договоров стоил королю многочисленных уступок в виде раздачи почетных отличий, политических прав и в особенности денежных сумм. Генрих щедро раздавал титулы, назначал пенсии, уплачивал чужие долги, предпочитая материальные издержки кровопролитию. Но там, где переговоры не давали ожидаемого результата, король пускал в ход оружие. В июле 1595 г. в сражении при Фонтене Франсез он нанес поражение своему старому врагу герцогу Майенскому и отобрал у него Бургундию. Но затем заключил с ним очень сносный договор, стараясь всячески щадить его политические и религиозные чувства: везде, где это было возможно, король старался быть выше личной вражды. В сентябре папа Климент VIII, опасаясь, как бы французская церковь не вышла из-под его влияния, снял с Генриха церковное отлучение и заключил с ним формальный мир. Но продолжалась война с испанским королём, упорно не признававшим прав Генриха на французскую корону. В 1595 г. испанцы взяли Камбре, в 1596 г. – Кале и, наконец, в 1597 г. – Амьен. Но, несмотря на эти успехи, Филипп по-прежнему не имел никакой надежды низложить Генриха. Денег на продолжение войны у него не было, и в мае 1598 г. испанский король согласился на мир. Все завоеванные им провинции были возвращены Франции. Последним оплотом лигистов оставалась Бретань, захваченная герцогом Меркером. Генрих сам выступил против него и принудил к покорности.
