Итог религиозным войнам во Франции подвел Нантский эдикт, подписанный королём в апреле 1598 г. Это был важный акт, утверждавший основы государственной политики веротерпимости. Хотя Генрих не дал, как того желали гугеноты, полного равенства их церкви с католической (последняя была объявлена государственной), он все же предоставил ей значительную автономию. Были подтверждены права гугенотов на свободу проповеди, школьного преподавания и богослужения. В гражданских правах они были полностью уравнены с католиками и получили доступ ко всем государственным и общественным должностям. Реформаторское богослужение было по-прежнему запрещено в Париже. Однако оно было разрешено всюду, где было введено ранее, а именно: в каждом административном округе, в замках вельмож и даже в домах простых дворян. Все эдикты и судебные приговоры, направленные против гугенотов во время религиозных гонений, были объявлены недействительными. В Ла-Рошели, Монтобане и Ниме гугенотам было позволено держать свои гарнизоны. Они могли собирать съезды по политическим и религиозным вопросам, а также иметь своих уполномоченных при дворе и в государственном совете. Как и следовало ожидать, католики и протестанты поначалу были недовольны эдиктом, считая, что противная сторона получила слишком большие уступки. Королю пришлось потратить ещё немало сил, прежде чем эдикт стал основой религиозного мира.
Все эти бурные годы Габриэль была главной фавориткой короля. Во время второй осады Парижа она занимала небольшой павильон на высотах Монмартра, а в июне 1594 г. в замке Куси близ Лиона родила Генриху сына Цезаря. Въехав в Париж, король узаконил этого ребёнка и объявил, что начинает развод с Маргаритой Валуа. Очевидно, он собирался потом жениться на Габриэли. В марте 1595 г. фаворитка была пожалована в маркизы Монсо, а в 1597 г. – в герцогини Бофор. По словам Матгье, король сообщал Габриэли обо всех распрях и каверзах, открывал ей все свои душевные раны, и она всегда умела утешить причину его страдания. За годы фавора она родила Генриху ещё дочь Катерину Генриетту и сына Александра. Но Габриэль так и не дожила до развода короля. Она внезапно скончалась в апреле 1599 г. (как думали тогда, от яда). Когда несчастный Генрих узнал об этой трагедии, с ним случился нервный припадок, и он слег в постель.
Однако король не мог долго предаваться печали. Через семь месяцев после смерти Габриэли он получил формальный развод с Маргаритой и вскоре уже был озабочен сразу двумя сердечными делами: сватовством к Марии Медичи и ухаживанием за Генриеттой д'Антраг. Из всех фавориток короля эта оказалась самая расчетливая. Прежде чем ответить Генриху взаимностью, Генриетта потребовала от него формальный письменный договор: король обещал вступить с нею в законный брак, как только она родит ему сына. Кроме того, Генриетта получила с него за первую ночь сто тысяч франков. Вскоре фаворитка сделалась беременной Генрих, уже договорившийся о заключении брака с Марией Медичи, оказался в затруднительном положении. Он пожаловал Генриетту в маркизы Вернейль, обещал выдать её замуж за принца крови герцога Неверского, но та упорно отказывалась возвратить данный ей документ и грозила скандалом. В июле 1600 г. Генриетта родила мертвую девочку, и это несчастье избавило короля от необходимости исполнять своё обещание. Фаворитка сбавила тон, стала более покладистой. Король продолжал питать к ней нежные чувства.
Между тем в декабре 1600 г. была отпразднована свадьба Генриха с Марией Медичи. В январе жена уже прискучила Генриху, и он вернулся в объятия Генриетты. В 1601 г. обе дамы родили королю сыновей: королева – дофина Людовика (впоследствии Людовика XIII), фаворитка – Гастона Генриха (впоследствии герцога Вернейля). В следующем году картина повторилась: Мария Медичи родила дочь Елизавету, Генриетта – Анжелику. Эту идиллическую связь не разрушил даже заговор против короля, раскрытый в 1604 г., в котором самую активную роль играл отец фаворитки старик д'Антраг. Заговорщики планировали заманить Генриха к маркизе Вернейль, умертвить его, а королём провозгласить её сына Гастона. Суд приговорил д'Антрага к смерти, а его дочь – к пожизненному заточению в монастырь, но король позволил старику удалиться в своё имение, а Генриетту объявил невиновной. Он опять сошелся с фавориткой, хотя уже хорошо знал её злой и скандальный нрав. Маркиза без зазрения совести эксплуатировала королевскую щедрость, выпрашивая за каждую ласку деньги и поместья. Она постоянно старалась унизить королеву и начисто рассорила Марию с мужем.
Только новое увлечение Генриха избавило его от этой позорной связи, В январе 1609 г. на балете, устроенном Марией Медичи, Генрих увлекся четырнадцатилетней дочерью коннетабля Монморанси Маргаритой. По обыкновению, король постарался прежде выдать новую возлюбленную замуж и выбрал ей в супруги принца Конде. Но едва принц вступил в права мужа, он всеми силами стал оберегать Маргариту от короля. В ноябре 1609 г. он решился бежать во Фландрию. Рассерженный король стал хлопотать о расторжении их брака. В это время он энергично готовился к войне с Австрией. Но оба предприятия остались незавершенными из-за трагической кончины Генриха. 14 мая 1610 г. король в карете отправился в арсенал для осмотра новых орудий. День был жаркий, и оконные кожи были спущены. На узкой и извилистой улиие Железных рядов королевский экипаж должен был остановиться, чтобы пропустить воз с сеном. В эту минуту какой-то человек быстро вскочил на колесо, просунул голову в окно и всадил в грудь Генриха кинжал. Смерть была мгновенной, и Генрих не успел испустить ни единого стона. Сидевшие с ним в карсте в первую минуту даже не заметили его кончины. Убийца, фанатик-католик Равайльяк, впрочем, не успел скрыться, был захвачен стражниками и через две недели казнен.