Французы двинулись дальше, к крепости Акр. Осада её продолжалась два месяца и кончилась неудачей. У Бонапарта не было осадной артиллерии; между тем как англичане непрерывно подвозили туркам по орю припасы и оружие. Потеря в безрезультатных штурмах 3 тысячи солдат, Наполеон 20 мая 1799 г. приказал снять осаду и двинулся обратно в Египет. Поход этот был также очень тяжёлым. Стояла невыносимая жара, в армии открылась эпидемия чумы. Заразившихся этой болезнью Бонапарт велел оставлять, но раненых и больных другими болезнями везли с собой. Всем было приказано спешиться, а лошадей, все повозки и экипажи предоставить для больных и раненых. Когда заведовавший конюшней спросил, какую лошадь оставить для главнокомандующего, Бонапарт пришел в ярость и закричал: «Всем идти пешком! Я первый пойду! Что, вы не знаете приказа? Вон!» И он действительно проделал оставшийся путь пешком наравне со всеми.
14 июня армия вернулась в Каир. Сейчас же пришло известие о высадке турок близ Абукира. Наполеон выступил на север к дельте Нила и 25 июля напал на турецкую армию. На берег успело высадиться около 15 тысяч турок, и все они, почти поголовно, были истреблены в этом сражении. Лишь немногие успели спастись на английские суда. Тут случайно в руки Бонапарта попала европейская газета. Читая её, он впервые узнал о победах Суворова в Италии и о смутах в самой Франции. «Негодяи! – воскликнул он. – Италия потеряна! Все плоды моих побед потеряны! Мне нужно ехать!» Решение было принято сразу. Он передал верховное командование армией генералу Клеберу, приказал в спешном порядке и строжайшей тайне снарядить четыре судна, посадил на них около 500 отобранных им людей и 23 августа 1799 г. выехал во Францию с твердым намерением низвергнуть Директорию и овладеть верховной властью в государстве.
8 октября корабли Наполеона пристали в бухте у мыса Фрежюс, на южном берегу Франции. 13 октября весть о его возвращении достигла Парижа и произвела эффект разорвавшейся бомбы. Совет пятисот прервал заседание. Депутаты вышли на улицу и распространили полученное известие. В театрах, в салонах, на центральных улицах неустанно повторялось имя Бонапарта. Во всех городах и деревнях, которые Наполеон проезжал, направляясь в Париж, население встречало его овациями. 16 октября он въехал в Париж. Крупные финансисты немедленно изъявили Бонапарту свою поддержку, предложив ему несколько миллионов франков. Министр полиции Фуше и министр иностранных дел Талей-ран – оба умные и беспринципные карьеристы – сейчас же стали давать советы, каким образом быстрее уничтожить режим Директории. Многими из этих советов Наполеон воспользовался. Вместе с Фуше он привлек на свою сторону одного из директоров Сийеса, которому постарались внушить, что в грядущем перевороте именно он будет играть первую роль, а Бонапарт останется лишь его шпагой. Что касается Жозефинч, то все грозные замыслы Наполеона относительно неё, рассыпалась при первом же свидании – он имела достаточно опыта в усмирении упрямцев, хотя трудно представить кого-то более ужасного в гневе, чем Наполеон. Можно только догадываться какие чары пустила она в дело, но результат был налицо – согласие в семействе Бонапартов восстановилось полностью. Отчасти примирению их способствовало и то, что Наполеону в это время было не до семейных дрязг. Он с головой ушел в подготовку государственного переворота.
Особенно важна была для Наполеона поддержка парижского гарнизона. В продолжение трёх недель после своего возвращения, он встречался со многими офицерами и генералами и постепенно убедился в том, что защищать потерявших всякий авторитет директоров никто не собирается. Тогда Наполеон решил действовать. Утром 9 ноября (18 брюмера по революционному календарю) он созвал к себе генералов, на которых мог особенно положиться (в их числе были Мюрат, Леклерк, Бернадот и Макдональд), и объявил, что пришло время «спасать республику». Генералы и офицеры вполне ручались за свои части. Вскоре возле дома Бонапарта уже строились колоны войск. Тем временем некий Корнэ, человек преданный Бонапарту, объявил в Совете старейшин о «страшном заговоре террористов» и об угрозе республике. Для наведения порядка Совет немедленно назначил Наполеона начальником всех вооруженных сил, расположенных в столице и её окрестностях. Свои заседания Совет перенес в Сен-Клу.
Получив ожидаемый декрет, Наполеон в сопровождении войск поехал в Тюильрийский дворец и выступил перед депутатами. Речь его была путанная и неясная (говорить перед собранием он никогда не умел), он нападал на директоров и обещал установить республику, «основанную на свободе, равенстве и на священных принципах народного представительства…» Сразу вслед за тем Наполеон отправил Талейрана к Баррасу с требованием отставки. Баррас без возражений подписал требуемую бумагу и удалился под конвоем в своё имение. На другой день Бонапарт отправился в Сен-Клу, где с утра заседали оба Совета. Среди депутатов-старейшин царила растерянность, но члены Совета Пятисот уже начали понимать, как ловко их провели, и негодовали на Бонапарта. И действительно – тот не скрывал теперь своих планов: депутатам предложено было принять закон, который поручал разработку новой конституции Бонапарту, а затем самораспуститься. Но обе палаты отказались вотировать Бонапарту такие исключительные полномочия. В бесплодных прениях прошла большая часть дня. В четыре часа Бонапарт решил вмешаться в дело и отправился в Совет старейшин. Речь его на этот раз была ещё более сбивчивая и неясная, чем накануне; когда же депутаты стали ему возражать, он прямо пригрозил военной силой. Затем он отправился в Совет Пятисот, но здесь ему не дали даже раскрыть рта. Возбужденные депутаты накинулись на него со всех сторон и едва не задушили. Гренадерам с трудом удалось вырвать своего начальника из рук разгневанных избранников и вывести его из зала. Люсьен Бонапарт, брат Наполеона, председательствующий в этот день в Совете, вышел следом и обратился к солдатам с речью. Он потребовал спасти «большинство собрания» от «кучки бешеных». Если у солдат ещё могли быть какие-то сомнения в законности происходящего, то теперь они отпали. Под гром барабанов гренадеры ворвались в зал и выгнали из него всех депутатов. Большинство из них разбежалось, но нескольких депутатов схватили и доставили под конвоем к Наполеону. Он приказал им вотировать декрет о роспуске Собрания и передачи всей власти трем консулам. На этот раз желание его было удовлетворено. В тот же вечер и Совет Старейшин принял эти декреты. Консулами кроме Бонапарта были объявлены два бывших директора: Сийес и Роже-Дюкло.