Первоначально Наполеон предполагал отходить по Новой Калужской дороге через ещё не разоренные губернии. Но Кутузов помешал этому. 24 октября произошел упорный бой под Малоярославцем. Город восемь раз переходил из рук в руки. В конце концов он остался за французами, но Кутузов готов был продолжать сражение. Наполеон оказался перед выбором – либо дать новую битву, либо отступать по старой разоренной дороге. Он выбрал второе и приказал двигаться на Смоленск. Страна была страшно опустошена. Кроме острого недостатка продовольствия, армию Наполеона скоро стали донимать суровые морозы. Зима в 1812 г. началась необычайно рано – уже в начале декабря установилась сильная стужа. Кроме того, сильно тревожили Великую армию казаки и партизаны. Боевой дух солдат падал с каждым днем, несмотря на все старания императора. Наполеон мужественно переносил трудности похода наравне со всеми и целыми часами шёл пешком по сугробам под падающим снегом и разговаривал с солдатами. Тем временем стало известно, что южная русская армия под командованием Чичагова после окончания турецкой войны спешно перебрасывается на западный фронт и готова преградить французам дорогу у Березины. Если бы этот замысел осуществился, армия оказалась бы в ловушке и была обречена на полное уничтожение. Наполеон приказал ускорить движение. Отступление превратилось в настоящее бегство. На раненых и больных уже не обращали внимания. Морозы, голод и партизаны истребляли солдат тысячами. Вся дорога была усеяна трупами. Кутузов несколько раз нападал на отступающих врагов и наносил им сильный урон. 16– 18 ноября произошло кровопролитное сражение под Красным, стоившее Наполеону 20 тысяч солдат. 22 ноября император узнал, что Чичагов выбил из Борисова польские части, которым было приказано оборонять переправу через Березину, и встали на пути французов. Наполеон приказал искать другое место, где можно было навести мосты. Севернее Борисова у Студянки было найдено узкое место, где ширина реки не превышала 25 метров, здесь навели два понтонных моста, и 26 ноября началась переправа. Русские полки, находившиеся на правом берегу, попытались сбросить французов обратно в реку. Гвардия пошла в атаку и отбила их. На следующий день большинство боеспособных частей уже перешло через Березину. В это время подоспели авангардные полки Кутузова. У переправы началась ужасная паника. Один из мостов провалился. 14 тысяч отставших были в большинстве своём перебиты казаками. Последний переход до Вильны был особенно тяжел, но Наполеон все же благополучно достиг русской границы и в середине декабря остатки армии перешли через замерзший Неман. Сам Наполеон ещё 6 декабря передал командование Мюрату и поспешно уехал в Париж. По свидетельству Коленкура, который проделал с императором весь путь в одних санях, Наполеон уже очень мало думал о случившемся и всецело был поглощен заботами о предстоящей войне. В Варшаве он казался весёлым, даже шутил и сказал между прочим: «Я покинул Париж в намерении не идти войной дальше польских границ. Обстоятельства увлекли меня. Может быть, я сделал ошибку, что дошел до Москвы, может быть, я плохо сделал, что слишком долго там оставался, но от великого до смешного – только шаг, и пусть судит потомство».

Что смешного мог найти Наполеон в неслыханных ужасах, которыми был ознаменован финал кампании 1812 г., осталось его тайной. Московский поход нанес непоправимый урон его могуществу. Если русскую границу за полгода войны перешло около полумиллиона императорских солдат, то обратно вернулось не более 30 тысяч. 100 тысяч остались в плену в России. Остальные 400 тысяч были убиты в боях или погибли при отступлении. Прибыв 18 декабря в Париж, император увидел повсюду большой упадок духа. Траур сотен тысяч семейств делал атмосферу особенно подавленной. Однако Наполеон по-прежнему располагал колоссальными ресурсами и не считал войну окончательно проигранной. Все первые месяцы 1813 г. он трудился над созданием и организацией новой армии. Двести тысяч человек дал ему призыв новобранцев и национальной гвардии. Ещё двести тысяч не участвовали в русском походе – они стояли гарнизонами во Франции и Германии. Теперь они были стянуты в корпуса, снаряжены и снабжены всем необходимым. К середине весны грандиозная работа была завершена, и Наполеон выехал в Эрфурт. Тем временем русские продолжали одерживать успехи. К концу января вся территория Польши до Вислы была очищена от французов. В феврале русская армия вышла к берегам Одера, 4 марта овладела Берлином. Французы отступили за Эльбу. 19 марта прусский король Фридрих Вильгельм заключил союз с русским императором. Но появление на фронте Наполеона резко изменило ситуацию.

2 мая под Лютценом произошло первое крупное сражение. Витгенштейн, возглавивший союзную армию после смерти Кутузова, решил атаковать растянувшихся на марше французов. Но из-за медлительности эта атака не привела к успеху. Наполеон остановил наступление, а затем стал обходить противников с фланга. Разгорелся упорный бой. Император лично скакал с одного фланга на другой и руководил всеми операциями боя. Русские и пруссаки были отброшены, потеряв до 20 тысяч человек. Наполеон вновь овладел Лейпцигом и Дрезденом. Витгенштейн отступил к реке Шпрее у Бауцена и здесь стал готовиться к обороне. Левый фланг союзников опирался на горы Богемский Лес, но правый не был защищен естественными укреплениями. Замысел Наполеона состоял в том, чтобы, атаковав центр и левый фланг противников, стянуть туда все их резервы, а затем нанести корпусом Нея удар в обход их правого фланга и выйти в тыл армии Витгенштейна. Бой начался 20 мая и продолжался на другой день. Маршалу Нею не удалось совершить задуманный императором прорыв на правом фланге. Командовавший здесь Барклай-де-Толли, отступил, но сделал это в полном порядке. Чтобы избежать окружения Витгенштейн приказал отойти за реку Лебау. Поле боя осталось за французами, но полной победы не получилось. Обе стороны были утомлены боями и 4 июня заключили перемирие.

Начались переговоры о мире. Требования союзников были достаточно умеренными. Они добивались только, чтобы Наполеон уступил назад Иллирию, освободил Гамбург, Бремен и Любек, отказался от герцогства Варшавского и от звания протектора Рейнского союза. Но Наполеон не желал идти ни на какие уступки. Своим упорством он наконец раздражил Австрию. 10 августа перемирие кончилось, а 11-го пришло известие о том, что Австрия примкнула к коалиции. Одновременно в войну вступила Швеция. Теперь силы союзников значительно превосходили силы Наполеона. Были образованы три армии: Богемская, под командованием австрийского фельдмаршала Шварценберга, Силезская – под началом прусского фельдмаршала Блюхера, и Северная, во главе которой встал бывший наполеоновский маршал Бернадот, ставший теперь шведским кронпринцем (позже была сформирована четвертая – Польская – армия Бенигсена). Общее командование было вручено Шварценбергу. С возобновлением военных действий Наполеон двинулся против армии Блюхера. Шварценберг начал заходить ему в тыл и 26 августа потеснил французский корпус генерала Сен-Сира, оборонявший Дрезден. Узнав об этом, Наполеон оставил действовать против Блюхера 80-тысячный корпус Макдональда, а сам с основными силами поспешил к Дрездену на выручку к Сен-Сиру и остановил противника. На следующий день он перешел в наступление и нанес сильный удар по левому флангу союзников. Потеряв до 20 тысяч человек, Шварценберг приказал отступать. Этот успех был последней крупной удачей Наполеона.