Между тем, ни о какой «тишине» в приишимской тайге не может быть и речи. В округе вот уже несколько лет действует банда жестокого и непредсказуемого Черного Атамана – Сергея Алексеевича Дубравина. Ходят слухи о его психической болезни. Так оно и есть: Митя Опалинский, безусловно, психически нездоров. Взяв себе имя Дубравина, который отнял имя, должность и невесту у него самого, он борется со своей болезнью и мстит за свою искалеченную жизнь всем подряд, не решаясь при этом уничтожить своего врага, так как все еще влюблен в Машеньку и не хочет причинять ей горя. Его любовница, остячка Варвара, пользуясь образцом из золотого медальона, написала портрет Машеньки, который Митя хранит на своей заветной заимке.
Серж Дубравин живет в постоянном страхе перед разоблачением и напряжении, которое уже почти раздавило его. Петя пьет и радуется жизни с Элайджей – юродивой еврейкой, на которой он женился по любви после смерти отца. У них трое диких и абсолютно неразвитых детей, которые сами себя называют Лисенком, Волчонком и Зайчонком. Все дела «империи» Гордеева фактически свалились на Машенькины плечи. Сначала ей еще помогал друг отца остяк Алеша (отец Варвары), но после они разошлись во взглядах и расстались. Алеша сошелся с Верой, бывшей горничной Софи. Сначала они вместе делали дела, а потом и жить стали вместе. У Веры двое детей – Матвей и Соня. Оба ребенка – не родные ей по крови. Соню Вера усыновила в память погибшего инженера Печиноги (в некотором смысле он способствовал ее появлению на свет), а что касается Матвея, то его «подарила» Вере Софи Домогатская. Собственный ребенок Веры и инженера Печиноги умер при родах. Пользуясь тем, что Вера после тяжелых родов была без сознания, Софи подменила умершего младенца вполне живым и здоровым первенцем юродивой Элайджи. Тайну происхождения Матвея-младшего знают только Софи и приисковый фельдшер, принимавший роды у обеих женщин.
У Машеньки и Сержа один ребенок – Шурочка, слабый и болезненный.
Надя Златовратская вышла замуж за ссыльного народовольца Ипполита Коронина. Она продолжает заниматься народной и прочей медициной, закончила акушерские курсы. Ее муж фактически возглавляет некую подпольную организацию ссыльных революционеров, занимающуюся издательской и прочей деятельностью, а также устраивающую побеги политических заключенных из сибирских тюрем и с каторги. Аглая служит в училище. Она сошлась с трактирщиком Ильей, но уже несколько лет скрывает эту связь. Любочка тайком от всех переписывается с Николашей Полушкиным.
Пески на приисках истощились и вот-вот нужно принимать какое-то, касающееся их решение. Но кто будет его принимать? Рабочие волнуются, тоже гадая о будущем, в их среде циркулируют всякие слухи, еще более усиливающиеся от провокаций с разных сторон.
Полицейская, жандармская и военная (казаки) власти уезда, по прямому указанию сверху, планируют совместную, не лишенную изящества операцию. В результате ее будет уничтожена банда Черного Атамана, нелегальная сеть явок и доверенных лиц, наброшенная ссыльными революционерами едва ли не на всю Западную Сибирь, а также будут показательно выявлены и изолированы политически распропагандированные и склонные к бунту элементы на приисках. Интерес хозяев приисков: под шумок операции выработанные прииски будут закрыты без всяких волнений и материальных претензий со стороны рабочих. Им будет попросту не до того. Для успешного осуществления операции в банду и в среду политических по полицейскому и жандармскому обыкновению внедряются агенты и провокаторы.
Во всех затруднительных случаях своей жизни многие жители Егорьевска пишут письма в Петербург, Софи Домогатской. Она не отвечает никому, кроме простодушной попадьи Фани Боголюбской, которая запуталась в своей запретной любви к местному уряднику Карпу Платоновичу Загоруеву.
Вот в такую-то «тихую гавань» и приезжает инженер Измайлов. И сразу же попадает как кур в ощип.
Разбойники Дубравина зачем-то отбивают арестованных во время волнений рабочих, убивая при этом сопровождающих их казаков. Следующий вместе с конвоем Измайлов тяжело ранен, но ему удается сбить преследователей со следа и уползти в тайгу. Там его находит собирающая травы и корешки Надя Златовратская. Используя свои медицинские навыки, она выхаживает раненного в зимовье. Между выздоравливающим Измайловым и Надей возникает любовная связь, причем с самого начала проговорено, что Коронина Надя никогда не оставит.
После прибытия Измайлова в Егорьевск, местные ссыльные Коронин, Давыдов и Веревкин пытаются привлечь его к революционной деятельности, а потом, наоборот, считают провокатором. Провокатор должен быть, это известно доподлинно, но кто же он? Измайлов, вроде бы, больше всех подходит на эту роль.
Машенька Гордеева-Опалинская пытается найти в Измайлове друга и соратника. Серж Дубравин по понятным причинам сторонится нового инженера. Черный Атаман вступает с ним в переписку, возвращает документы и советует вернуться в Россию, от греха подальше.
Измайлов тяготится всем этим, включая связь с Надей, но не знает, что предпринять. Он избегает егорьевское общество, дружит с рабочими, Васей Полушкиным, Иваном Притыковым, и «дикими» детьми Пети и Элайджи, причем единственный принимает их всерьез, и в каком-то смысле инициирует их умственное и эмоциональное развитие.
Тем временем настоящий отец Сони, пьяница и бездельник, тайком от Веры шантажирует девочку, требуя у нее вещи и деньги и угрожая отдать разбойникам брата Матвея. Соня открывается брату. Матвей обещает все уладить и попутно знакомится с Волчонком, Лисенком и Зайчонком. Дети организуют некую совместную игру-приключение, целью которой является слежка за разбойниками и выяснение их привычек (Нужны ли им маленькие мальчики, или Сонин отец все врет?).
Приблизительно в это время в Егорьевск приезжает Гликерия Ильинична, мать настоящего Дмитрия Опалинского (все эти годы Серж от имени Опалинского посылал ей деньги, но, по понятным причинам, не прислал ни одного письма). Узнав в дороге о том, что сын жив-здоров, она с нетерпением ждет встречи с ним. Увидев же вместо сына Сержа Дубравина, кричит: «Куда вы его подевали?!» – и теряет сознание.
Вера, узнав всю эту историю от Сони (которой, в свою очередь, рассказал ее очевидец-Волчонок), проникается сочувствием к несчастной старушке и сообщает дочери, что на самом деле сын старой женщины жив, и он – никто иной, как Черный Атаман. Сильный в логике Матвей-младший более-менее правильно просчитывает ситуацию, и дети принимают решение: они тайком уводят старушку из трактира и переправляют ее на заимку к Черному Атаману. Там и происходит встреча матери и сына.
Накануне начала описанных выше событий с каторги бежит Никанор, бывший камердинер Сержа Дубравина, который все эти годы любит Веру и хранит в душе ее образ. Никанор присоединяется к банде Черного Атамана, встречается с Верой и убеждает ее в том, что он не убивал инженера Печиногу. В обмен на неделю ее любви Никанор предлагает Вере и Алеше место и план разработки новых золотых приисков, разведанных в тайге талантливым на золото старателем Коськой-Хорьком. Интерес к делу Черного Атамана в процентах от выручки и применении его собственных инженерных навыков. Вера, подумав, соглашается на сделку.
Открыв новый прииск «Счастливый Хорек», Вера переманивает туда самых активных и непьющих рабочих, которые уходят в тайгу, разрывая контракт с Опалинскими-Гордеевыми. Пытается Вера переманить к себе и Измайлова, но он отказывается. Маша должна либо подавать в суд на рабочих, либо смириться с Вериным и Алешиным мародерством.
Тем временем полицейско-жандармская операция подходит к своему завершающему этапу. Гавриил Давыдов (который и является настоящим провокатором) сдает полиции егорьевских революционеров и ловко подставляет Измайлова, в результате чего ни у кого не остается и тени сомнения в том, что предатель именно он. Арестованный, в кандалах Коронин плюет Измайлову в лицо.
Измайлов решает покончить жизнь самоубийством. Элайджа и ее дети не дают ему довести дело до конца и совместными усилиями вынимают инженера из петли. Против воли оставшийся в живых, Измайлов решает наконец выяснить, что же происходит вокруг него, и разобраться в егорьевских тайнах. С помощью Волчонка он попадает на заимку к Черному Атаману и слышит от него всю историю со сменой имен и т. д. В завязавшемся разговоре Измайлов случайно выдает атаману полицейского агента в банде. Им оказывается Липат Щукин, отец Сони. Через два дня его находят убитым на тракте.
