Во второй половине XII века на юге Франции получило широкое распространение еретическое движение, сторонников которого называли альбигойцами – по названию центра этого движения, города Альби, входившего в состав Лангедока со столицей Тулузой. Здесь постоянно проповедовали папские легаты, но их деятельность разбивалась об «упорство еретиков», объявлявших католическую церковь творением сатаны. После убийства альбигойцами в 1208 году папского легата папа Иннокентий III провозгласил крестовый поход против них. Папу поддержал французский король Филипп II Август, которому выпал удобный случай присоединить к своему домену богатые земли юга Франции, фактически независимые от французской короны. Нашествие рыцарей севера возглавил барон Симон де Монфор. Богатейшие города и селения были разгромлены и уничтожены крестоносцами. Об ожесточенности войны говорят следующие факты. В один день в церкви Магдалины в Безье было перебито 7 тысяч человек, большинство которых составляли старики, женщины и дети. В замке Минерва «благочестивые служители Бога» нашли 140 еретиков и 137 из них сожгли на огромном костре (трое избежали смерти потому, что отреклись от своих верований). Из ряда городов были изгнаны поголовно все жители, а их имущество было роздано крестоносцам. Однажды на вопрос крестоносцев о том, как отличить еретиков от католиков, папский представитель ответил: «Убивайте всех подряд – Господь отличит своих».

Испанский монах Доминик (1170–1221), активный участник крестового похода против альбигойцев, в 1215 году основал в Тулузе монашеский орден для борьбы с еретиками на юге Франции. В 1216 году папа Гонорий III утвердил орден доминиканцев и предоставил ему чрезвычайные полномочия в борьбе с ересью. Доминиканцы быстро расширили пределы своей деятельности и охватили ею значительную часть Западной Европы. Через 15 лет после основания своего первого монастыря они уже располагали 60 монастырями. «Забота о душах» и борьба с ересью проводились доминиканцами с железной настойчивостью и жестокостью. Орден требовал предоставления ему строжайшего надзора над всем образованием. Доминиканцы прибирали к своим рукам обучение богословию и схоластике и не допускали никакого «вольнодумства». Они основали собственные учебные заведения (в том числе в Болонье, Кёльне, Оксфорде), завладели богословскими кафедрами в университетах Парижа, Падуи, Праги и др. Из доминиканских школ вышло немало известных инквизиторов, в еще большей степени орден являлся поставщиком низшего и среднего персонала инквизиционных судилищ (в 1232 году инквизиция была передана в руки доминиканцев). Гордясь своей рабской угодливостью и «собачьей» верностью папскому престолу, доминиканцы называли себя псами Господними. С XIII века орден развернул широкую миссионерскую деятельность, основал множество монастырей вне Западной Европы (в частности, под Киевом на Руси, в Персии и Китае). После основания в XVI веке ордена иезуитов доминиканцы постепенно утратили прежнее значение.

Франциск Ассизский (1182–1226) был купеческим сыном, вел довольно разгульный образ жизни, но затем отказался от богатства и с 1206 года посвятил себя проповеди евангельской бедности. В 1207–1209 годах он основал братство миноритов («меньших братьев»), преобразованное затем в нищенствующий монашеский орден францисканцев. Осуждая в своем своде законов «Правила жизни» деньги, торговлю и всякие материальные блага, Франциск проповедовал добровольную нищету, а потому на первых порах встречал недоброжелательное к себе отношение со стороны многих представителей духовенства. Так, бенедиктинский монах-летописец Матвей Парижский называл Франциска «божьим дурачком» и говорил в его адрес: «Проповедуй твои «Правила» свиньям; людям они не нужны». Однако папа Иннокентий III, понимая, какой популярностью среди бедняков пользуется проповедь нищеты, решил поставить деятельность францисканцев под свой контроль. Под предлогом, что «апостольский образ жизни нуждается в приличном ему платье», Иннокентий III в 1223 году утвердил новый устав ордена, разработанный кардиналом Гуго (будущим папой Григорием IX). Устав этот был значительно мягче, чем «Правила жизни» Франциска: он не требовал сурового соблюдения идеала нищенства и допускал владение имуществом. Со временем францисканцы стали во многом напоминать доминиканцев. Отказываясь формально от мира и его благ, они «в интересах лучшей пропаганды своего учения» оставались жить в этом «полном греховности и соблазна мире». Сам Франциск, противясь перерождению своего творения в обычный монашеский орден, еще в 1220 году отошел от его руководства, что не помешало папе Григорию IX в 1228 году канонизировать его. Устав ордена францисканцев еще несколько раз изменяли в сторону его смягчения, орден превратился в крупного собственника, приспособленцы в нем все больше брали верх над странниками с нищенской сумой. Когда генералом ордена стал Илья Кортонский, ревнители строгого соблюдения заветов Франциска даже подвергались преследованиям. Так, Антония Падуанского, впоследствии ставшего одним из самых популярных святых, бичевали до боли и заковали в цепи; точно так же за «кривое» истолкование учения Франциска был посажен на два года в тюрьму член ордена некий Цезарь.

В 1252 году в Париже появилась книга под названием «Введение в вечное Евангелие». Автор книги, францисканец Джерардино из Борго-Сан-Донино, утверждал, что Ветхий и Новый Заветы потеряли свое значение и должны уступить место «Вечному Евангелию». В книге также говорилось, что, перед тем как Новый Завет перестанет играть свою роль в жизни человечества, «мерзостью запустения будет править папа-святокупец», который вступит на престол к концу шестого десятка лет этого века. Книга получила массовую поддержку блюстителей строгого идеала нищенства, так называемых спиритуалов, которые увидели в ней протест против алчности церкви во главе с самим папой. По той же причине против книги ополчился генерал ордена францисканцев Бонавентура, потребовавший жестокого преследования почитателей «Вечного Евангелия». С благословения папы начались преследования спиритуалов инквизицией. Доносы и публичные выступления против них щедро вознаграждались. Епископ Акро Флорент, например, за обвинение своих бывших друзей получил арльскую архиепископию. Многие были вознаграждены денежными суммами. Несмотря на все эти меры, канун 1260 года, когда согласно «Вечному Евангелию» должна была наступить «мерзость запустения», был отмечен массовым психозом, бегством исступленных фанатиков в леса, самоубийствами. Наступил, а затем и прошел роковой 1260 год, пророчество так и не исполнилось, но религиозные фанатики продолжали по-прежнему верить в него, отодвигая лишь дату ожидаемого пришествия Святого Духа и утверждения «Вечного Евангелия». Впоследствии спиритуалы были приравнены к еретикам. Их книги сжигались, имущество конфисковывалось, а сами они десятками и сотнями погибали на кострах.