Плавание повторилось и летом 1789 года, после чего корабль вернулся в Охотск, где его встретил Григорий Шелихов, не прекращавший добиваться того, о чём просил у императрицы. Теперь он обращался к местным властям — написал большое письмо иркутскому генерал-губернатору Ивану Пилю с изложением программы исследований и новых открытий. И. Пиль поддержал Шелихова, который новый этап своей деятельности начал со смены правителя Американской компании. Вместо Евстрата Даларова им стал Александр Баранов. Дальнейшее развитие российско-американских поселений связано с этим человеком, оказавшимся столь же умелым организатором, как и Шелихов.

Александр Андреевич Баранов происходил из небогатой купеческой семьи, жившей в городе Каргополе Архангельской губернии. Он родился в 1746 году, с юности продолжил семейную традицию, занимаясь торгово-промышленной деятельностью довольно успешно. Сфера интересов распространилась на Москву и Санкт-Петербург, где Баранов избирается почётным членом Вольного экономического общества. Он переезжает в Иркутск и покупает там два завода, но сделка оказалась неудачной. Находясь под угрозой разорения, Баранов принял предложение Шелихова возглавить управление торговой компанией, развернувшей свою деятельность близ берегов Северо-Западной Америки.

Баранов подписал договор, в котором говорилось: «Согласился я, Баранов, быть компании Шелихова из двухсот десяти паёв состоящей на Американской матерой земле и островам расположенной... в лице хозяйском Главным правителем». Помощником стал тотемский мещанин Иван Кусков.

1 октября 1791 года галиот «Три Святителя» разбился на скалах у острова Уналашка. На замену ему был отправлен из Охотска корабль «Северо-Восточный Орёл», на котором новый правитель Русской Америки Александр Баранов осмотрел острова: обошёл вокруг Кадьяка, составил описание Канайского и Чугатского заливов. На острове Ситха Баранов основал город Ново-Архангельск (на его верфи построил в 1794 году первое судно «Феникс»), наметил строить другой город — на американском берегу. Шелихов хотел дать ему название Славороссия. Это был бы восточный форпост России, «столица» Русской Америки, центр торговли на Тихом океане. Он соединил бы торговыми связями северные острова с тропическими, а также с Японией и Китаем.

Шелихов наладил регулярные рейсы в Русскую Америку судов из Охотска и Петропавловска. В своём стремлении по-настоящему освоить американские земли он получил поддержку иркутского генерал-губернатора И. Пиля, который указывал: «Главнейшая цель стараний ваших состоит в том, чтоб американцев превратить из диких в обходительных, из несмышлёных в нужных просвещённом общежитии, сделать знающими». И Шелихов строил школы, в которых учились и дети аборигенов.

Всё новые суда отправлял он Баранову: «Три Иерарха», «Св. Великомученица Екатерина». На них прибыли 30 семей крестьян для налаживания хлебопашества и духовная миссия во главе с архимандритом Иоасафом.

Шелихов и Баранов планировали после укрепления русских поселений использовать торговлю с Китаем, Японией, Филиппинскими и Марианскими островами, чтобы «из этих стран поставлять в американские колонии всё необходимое для жизни, поскольку путь из России очень уж далёк».

В 1795 году, получив разрешение из Петербурга, отправилась группа промышленников с семьями во главе с купцом Василием Звездочётовым на курильский остров Уруп. Перебравшись на соседний остров Итуруп, поселенцы прожили там около десяти лет, ведя торговлю с японцами острова Хоккайдо.

Все доклады Шелихова губернатор Пиль препровождал императрице, и она постепенно благосклоннее стала относиться к деяниям энергичного уроженца города Рыльска. Вскоре фактически вся торговля в Тихом океане и Русской Америке сосредоточилась в руках нескольких купцов во главе с Шелиховым. Нужно было лишь официальное высочайшее разрешение на создание монопольной компании.

Но тут «отец» Русской Америки Григорий Иванович Шелихов неожиданно скончался в Иркутске. Это произошло 20 июля 1795 года, ему было 48 лет. Остались две дочери и сын. Жена Наталья Алексеевна, энергичная и деловая женщина, взяла в свои руки дела американских колоний. Именно она завершила многолетние хлопоты мужа по организации единой Российско-американской компании.

«Покойный муж мой в бытность свою в Америке...», — так начала своё письмо императору Павлу I дворянка Наталья Шелихова. Она воспрепятствовала стремлению конкурентов Шелихова захватить компанию, вложила свои деньги и отправила на Кадьяк и Прибыловы острова два судна с людьми, товарами, скотом. А с купцами договорилась об объединении четырёх компаний в одну.

Конечно, последнее слово сказал Павел I, который в отличие от матери, Екатерины II, поддержал план русского распространения в Америке. Его указ от 8 сентября 1797 года гласил: «...соединение купцов... для совместного отправления торговли и промыслов на американских островах почитаю полезным и оное утверждаю...»

Компания поступила под покровительство государственной Коммерц-коллегии. Через год после первого своего указа Павел I подписал ещё два, в которых объявил об основании компании и даруемых ей привилегиях и пожаловал Наталье Шелиховой «...всемилостивейшее право из уважения, что муж ея был из первоначальныхъ заводителей сей торговли». И наконец, он подписал указ Сенату с «Правилами для учреждаемой компании», с первоначальным капиталом 724 тысячи рублей, где отмечалось, что «учреждается она для промыслов на матерой земле... Америки, на островах Алеутских и Курильских и во всей части Северо-Восточного моря по праву открытия России принадлежащих».

Компания получила гербовую императорскую печать и свой бело-сине-красный флаг с двуглавым чёрным орлом в левом верхнем углу. Главное правление компании обосновалось в Иркутске, её обязанность была доносить о всех своих делах напрямую императору в Санкт-Петербург. Среди привилегий компании значилось и такое: «Делать ей новые открытия не токмо выше 55° северной широты, но и за оный далее к югу и занимать открываемые ею земли в Российское владение на прежде предписанных правилах, если оныя никакими другими народами не были заняты и не вступили в их зависимость».

Дирекции компании разрешалось приглашать морских офицеров. Им служба в компании «засчитывалась в срок», то есть приравнивалась к военной службе.

А на могиле «Коломба росского» Григория Шелихова в 1800 году поднялся памятник, установленный его вдовой. Отлитый в Екатеринбурге, он и сейчас стоит на территории Знаменского монастыря в Иркутске. Строки тогдашних русских поэтов выбиты на гранях обелиска. Эпитафия Ивана Дмитриева гласит: «...Росс Шелихов без войск, без громоносных сил притёк в Америку чрез бурные пучины. И нову область ей и Богу подарил...»

Рядом другие строки:

И подпись: Гаврила Державин.

С покорёнными землями пришлось со временем расстаться, но подвиги их открытия и первого исследования остались в истории, независимо от того, кому теперь принадлежат эти земли. Можно назвать два десятка имён людей, совершивших эти подвиги. Первыми будут Шелихов и Баранов, организаторы путешествий, походов и плаваний в северной части Тихого океана и на северо-западе североамериканского материка, справедливо называвшейся на протяжении почти столетия Русской Америкой.

После смерти Шелихова главную роль в жизни компании сыграл Александр Баранов. 28 лет безвыездно провёл он в Русской Америке. С ним связан новый этап в её истории.

В декабре 1799 года Баранов организовал перепись населения острова Кадьяк, на котором проживали тогда 6205 человек. В следующем году открылась на Кадьяке православная церковь, и архимандрит Иоасаф обратил в православие всех местных жителей.