Шхуна «Восток» пришла в Аян 7 июля. Оттуда Бошняк отправился в родные костромские края.

За службу в Амурской экспедиции он был награждён орденом Св. Анны 3-й степени.

В марте 1855 года Бошняк завершил отпуск и участвовал в организации сплава барж по Амуру, а в следующем году вернулся в связи с закрытием Амурской экспедиции. Тогда же возвратился в Петербург и Невельской.

За год до этого развернулись события «восточной войны». Фрегат «Паллада» среди кораблей дальневосточного флота был вооружён лучше других. Его первым командиром был прославившийся затем в Крымской войне адмирал П.С. Нахимов. Но корабль, построенный 22 года назад в Петербурге, потрёпанный в дальних походах, пришёл в полную негодность: самостоятельно он уже не смог бы вернуться через три океана на родину. Вице-адмирал Путятин направил «Палладу», а вслед за ней и другие корабли эскадры в Императорскую гавань...

На берегу строились укрепления, ставились артиллерийские батареи. В июле корабли решили перевести в устье Амура. Пройти фрегату по фарватеру к Амуру не удалось, и Путятин отправил его на зимовку в Императорскую гавань.

В эту зиму шхуна «Восток» Римского-Корсакова оставалась в Петровском. В октябре англо-французская эскадра атаковала Петропавловск-Камчатский. Оборону порта возглавил адмирал В.С. Завойко. Нападение было отражено — эскадра ушла, хотя нельзя было исключить то, что она могла повторить попытку в будущем.

В первые месяцы 1855 года Невельской занимался укреплением береговой обороны Амурского лимана, в котором укрылись все корабли дальневосточного флота. В Николаевске был главный штаб обороны. Невельской постоянно перемещался между постами, он был «душой» амурской обороны. После второго сплава по Амуру во главе с Муравьёвым, в котором участвовало 113 барж, в Приамурье сосредоточилась военная группировка из семи тысяч человек. Прибыли и первые переселенцы из Сибири, основавшие русские сёла Иркутское, Михайловское, Сергеевское, Богородское...

В конце мая 1855 года Невельской, находившийся в Николаевске, получил от генерал-губернатора Муравьёва предписание, первый пункт которого гласил: «Амурская экспедиция заменяется Управлением Камчатского губернатора контр-адмирала Завойко, местонахождением которого назначается Николаевское». Это означало отставку Невельского. Впрочем, она была почётной. Об этом Муравьёв писал Корсакову в частном письме: «... Для успокоения Невельского я полагаю назначить его при себе начальником штаба... Таким образом, Невельской с громким названием не будет никому мешать и кончит своё там поприще спокойно».

Ещё раньше, в январе 1855 года, когда получили почту, Невельской узнал о том, что полгода назад он был произведён в контр-адмиралы. Пришло признание того, что он сделал для России, но тут же его «удалили» с вершины, на которой он находился: отстранили от дел, связанных с освоением Амурского края и Сахалина.

В июле 1856 года Г.И. Невельской с женой и двумя детьми по Аянскому тракту отправился с вьючным караваном в Якутск, затем по Лене — в Иркутск, и по Сибирскому тракту — в Петербург. Он снял квартиру на Сергиевской улице. Получив отпуск на полгода, съездил в Москву и Кинешму, там умерла его мать, и у него было имение в трёх вёрстах от города.

С октября 1857 года Невельской работал в Морском учёном комитете, занимаясь в основном рецензированием статей, приходящих в журнал «Морской сборник». Он принимал участие в работе Русского географического общества, консультировал учёных и капитанов судов, отправляющихся на Дальний Восток. Так, к нему обращался за советом молодой офицер Михаил Венюков, назначенный на службу в Восточную Сибирь. С ним Невельской провёл несколько вечеров, рассказывая об Амуре и Уссурийском крае, где Венюков, в будущем — выдающийся географ, собирался провести исследования. В своих воспоминаниях М.И. Венюков так характеризует Невельского: «Более честного человека мне не случалось встречать, и хотя его резкость, угловатость могли иногда не нравиться, тёплая, глубоко симпатичная натура скрывалась за его непредставительной наружностью».

В последние годы жизни Невельской часто болел, выезжая для лечения за границу — в Швейцарию, Италию. Однако продолжал работать и в Морском учёном комитете, и в Географическом обществе, и в Обществе для содействия русскому торговому пароходству. В этом обществе он как-то устроил большой приём в честь английского капитана Виггинса, первым прошедшего в 1874 году на судне «Диана» из Европы в Обскую губу. В следующем году принимал Адольфа Эрика Норденшельда, решившего совершить плавание вдоль берегов Сибири — из Атлантики в Тихий океан.

В 1874 году, через 42 года после получения первого офицерского звания мичмана, Геннадий Иванович Невельской стал полным адмиралом. Уже в этом качестве он подписал 1 апреля 1876 года письмо об определении сына Николая в Морской кадетский корпус. Уведомление о принятии сына адмирала в кадеты было отправлено 15 апреля, а через три дня Геннадий Иванович скончался. Ему было 63 года. До последних дней жизни Невельской работал над книгой «Подвиги русских морских офицеров на крайнем востоке России». Она была завершена и издана его женой; Екатерина Ивановна Невельская умерла в марте 1879 года на 48-м году жизни, вскоре после того, как вышла книга мужа. Она пережила его всего на три года. Их могилы — рядом, на кладбище Воскресенского женского монастыря в Петербурге.

Пожалуй, никому из русских путешественников не поставлено столько памятников, сколько Невельскому. Их можно увидеть во Владивостоке, Южно-Сахалинске, Николаевске-на-Амуре, Солигаличе; барельефы — в Петербурге, Хабаровске. Его именем названо восемь географических объектов, город на Сахалине, улицы во многих городах и посёлках.

Ближайший помощник Невельского родился 3 сентября 1830 года в Костроме в семье отставного майора, участника Отечественной войны 1812 года. Учился в Морском кадетском корпусе, гардемарином плавал в Финском заливе, в 18 лет произведён в мичманы, а по окончании офицерского класса — в лейтенанты. И сразу же, в марте 1851 года, назначен был на службу в Амурскую экспедицию...

В Кронштадт с Дальнего Востока Бошняк вернулся 16 сентября 1857 года. Ему исполнилось всего 27 лет, но здоровье его было уже сильно подорвано. Бошняк продолжал служить на судах Балтийского флота. Во время плавания на фрегате «Илья Муромец» в феврале 1860 года он попал в госпиталь порта Киль, пролежал в нём почти полгода, а когда вернулся в Кронштадт, был уволен в отпуск «для излечения болезни» на 11 месяцев. Болезнь оказалась серьёзной — туберкулёз.

Бошняк вернулся в Костромскую губернию, где был избран уездным мировым посредником и одновременно произведён в капитан-лейтенанты. В 1865 году ушёл в отставку с чином капитана 2-го ранга, продолжал работать в земстве. Вскоре у него, предельно честного человека, возник конфликт с губернатором, в результате чего Бошняк был арестован и помещён в Костроме на гарнизонную гауптвахту. В апреле 1870 года его выслали под полицейский надзор в Астрахань с запрещением возвращаться в Кострому, хотя никакого суда не было.

С большим трудом с помощью Невельского Бошняку удалось выхлопотать разрешение выехать на лечение за границу. Он жил в Италии, близ озера Комо. Как результат несправедливых обвинений в России у него появилась мания преследования. Он провёл 28 лет в психиатрической больнице в Монце, близ Милана, где и скончался 15 декабря 1899 года. В 1916 году могила была за истечением времени ликвидирована. Родственники не успели поставить памятник. Но памятник Бошняку был воздвигнут в городе Советская Гавань на берегу залива, открытого им и названного Императорским.

Пётр Семёнов-Тян-Шанский