Путешественники плыли быстро — вёрст сто в сутки — и 14 июня прибыли к тому месту, где Шилка, сливаясь с Аргунью, даёт начало великому Амуру. Здесь он имеет ширину не более 320 метров и берега почти такие же, как у Шилки — Амур продолжает «работу» породившей его реки: прорывается через хребет Хинган, разделяющий Маньчжурию и Монголию.

В казачьей станице Албазин, знаменитой сражениями Ерофея Хабарова с даурами в конце XVII века, Пржевальский и Ягудин пересели на пароход, шедший в Благовещенск. Амур повернул к югу и разбился на рукава. Горы по берегам стали ниже, их очертания мягче. Это был отрог Малого Хингана, хребет Ильхури-Алинь, который всего пять лет назад пересёк Пётр Кропоткин, открывший там потухшие вулканы. Пржевальский прибыл в Сибирь в то время, когда Кропоткин её уже покинул.

В Благовещенске путешественников догнал пароход, оставленный ими на Шилке. Они перебрались на него и поплыли по полноводному Амуру к его устью, к селению Николаевску, возникшему на месте основанного почти 20 лет назад Г.И. Невельским Николаевского поста.

Верстах в двух от Благовещенска — устье Зеи. Эта река при впадении в Амур кажется шире его самого. Между станицами Радеевой и Помпеевкой Амур на протяжении семидесяти вёрст течёт в узком русле, «быстро и извилисто стремится между горами, представляя на каждом шагу великолепные ландшафты». Он прорывается через хребет Хинган, у станицы Екатерино-Никольской снова разбивается на рукава и вскоре, принимая справа самый большой свой приток — Сунгари, текущую с Маньчжуро-Корейских гор, становится вдвое шире. На левом берегу изредка попадались станицы пешего батальона Амурского казачьего войска — около 6000 человек живут там, где всего два десятка лет назад обитали только гольды (нанайцы).

Путешественники месяц плыли по Амуру от Сретенска до Хабаровки. Это был ещё не город Хабаровск, но селение, широко раскинувшееся при впадении Уссури в Амур: больше 100 домов с 350 жителями и примерно столько же казаков и солдат.

По Уссури Пржевальский с Ягудиным и казаком Николаевым поплыли против течения на лодке с гребцами. Это плавание на расстояние более полутысячи вёрст заняло три недели. Из лодки часто выходили на берег: проводили глазомерную съёмку, вели метеорологические наблюдения, собирали растения и образцы горных пород. Поражало необыкновенное богатство растительности. Об этом записал Пржевальский: «Здесь растительная жизнь является во всей силе... На каждом шагу встречаешь роскошь и разнообразие, так что не знаешь, на чём остановить своё внимание». Даже медведь однажды показался шагах в двухстах, но и он лишь поднялся на задние лапы и стоя смотрел на диковинного двуногого «зверя».

За 23 дня Пржевальский проплыл от устья Уссури до последней казачьей станицы — Буссе — больше 500 километров. Но время было выбрано неудачно: каждый день лили дожди и очень трудно было сохранить в условиях большой сырости гербарий и чучела птиц.

И всё же Пржевальский продолжал тщательно исследовать Уссури, составлял подробный географический отчёт. Особое внимание он обратил на самый большой приток реки — Бикин, стекавший со склонов Сихотэ-Алиня, и установил, что широкая и глубокая река эта судоходна, по крайней мере, вёрст на сто. Правда, пока пароходы по ней не ходили. В низовьях Бикина находилась долина шириной вёрст десять, горы, ограждающие её, были покрыты дремучими лиственными и хвойными лесами, буквально кишащими соболями.

Удивила извилистая речка Сунгача: «Едва ли можно найти другую реку, которая так прихотливо изломала бы своё русло и образовала столько частых и крутых извилин...»

Если по карте измерить расстояние от её истока до устья, получится 90 вёрст, но действительная протяжённость русла в три раза больше. Что заставляет реку петлять, не ясно, потому что течёт она по совершенно плоской равнине. Местность отличается безлюдностью и однообразием. Его нарушает появление «необыкновенного цветка... который местами во множестве растёт по береговым озёрам и заливам Сунгачи». Этот цветок — дальневосточная разновидность лотоса.

Пржевальский плыл по Сунгаче на пароходе, непуганые птицы слетались к невиданному дымящему чудовищу. Утки и цапли, бакланы и китайские журавли нисколько не боялись, не улетали прочь, а только разглядывали пароход.

Через два с половиной дня плавания открылась водная гладь эллипсовидного озера Ханка, окружённого заболоченными берегами. Пржевальский определил, что его длина — 85 вёрст, ширина — 64, а площадь — 3870 кв. км. (Сейчас, спустя 136 лет, озеро значительно уменьшилось, но по-прежнему восемь рек впадают в Ханку, а вытекает одна Сунгача).

Ханка очень богата рыбой, причём попадались различные её виды. Наряду с сазанами, карасями, лещами, тайменями, щуками, налимами, ловились и осётры, стерляди и гигантские калуги весом в 30—40 пудов. Переселившиеся из России крестьяне активно занимались рыбным промыслом, хотя предпочитали традиционное земледелие.

Николай Михайлович много разговаривал с переселенцами (из Воронежской, Тамбовской, Астраханской губерний), пришедшими на Амур и построившими здесь свои деревни. Они распахали землю, засеяли зерновые, устроили бахчи с арбузами и дынями, развели скот...

Но не всегда удавалось приспособиться к местным условиям погоды, поэтому жители нередко оставались без урожая.

Обходя селения гольдов (нанайцев), орочей, китайцев и корейцев, подробно знакомясь с их бытом, Пржевальский постепенно продвигался к югу, к берегам Японского моря. На его пути был врезанный в материк на восемьдесят вёрст залив Петра Великого, украшенный созвездием островов и бухтой Золотой Рог, на берегу которой раскинулся новый город-порт Владивосток. Пржевальский прошёл вдоль берега от залива Посьета до гавани Ольги. Слева высились крутые отроги Сихотэ-Алиня, справа шумел океанский прибой. Береговая полоса, обдуваемая постоянными ветрами, поросла кустарником и высокой травой, редкие дубовые леса поднимались по склонам гор. Чем дальше от берега, тем гуще были леса. Кроме дубов, попадались высокий граб и колючая аралия, через заросли которой на горных склонах невозможно было пробраться.

Проходя версту за верстой, пересекая многочисленные большие и малые реки, впадающие в Японское море, Пржевальский посещал селения китайцев, корейцев и русских. Все они ловили живущую в этих реках красную рыбу большими плетёнными из тальника «мордами» или крючьями, привязанными к длинной палке.

Множество различных животных населяло дремучие горные леса — пятнистые олени, изюбры, козы, медведи, барсуки, рыси, куницы, дикие кошки. Реже других попадались тигры, барсы, рыси и антилопы. Страстный охотник, Пржевальский подробно изучил приёмы охоты местных жителей и описал их.

Путешественник пришёл во Владивосток вечером 28 октября, перед тем как задула сильная метель, принёсшая на улицы снежный покров в четыре вершка (18 см). Он успел добраться вовремя и решил остаться на неделю, чтобы заменить лошадей, сбивших спину. В городе, протянувшемся более чем на версту вдоль северного берега бухты Золотой Рог, было не более пятидесяти казённых домов и два десятка китайских фанз. Проживало в нём около пятисот человек. Главное событие осени — рынок морской капусты. Купцы грузили её на корабли и везли в Шанхай.

4 ноября отправился Пржевальский со своим караваном дальше. Вначале переправились в верховьях Уссурийского залива через широкую реку Майхе, по которой уже проносились небольшие льдины, возвещавшие о начале зимы.

Реку Сучан, стекающую с главного хребта Сихотэ-Алиня, Пржевальский назвал «самой замечательной по своему плодородию и красоте». Быстрая горная река в верхнем и среднем течении впадает в залив, названный Америка, как спокойная равнинная река, по которой возможно плавание судов.

Отвесный утёс возвышался на 150 метров над устьем Сучана. Две русских деревни в Сучанской долине окружены были множеством китайских фанз. В деревнях жили переселенцы из Вятской губернии. Как раз против устья, на западном берегу залива Америка, находилась гавань Находка, спокойная даже во время сильного ветра. Но главное, что поразило охотника Пржевальского в Сучанской долине, — это обилие фазанов. Десять дней солдат, сопровождающий его на охоте, «едва доносил домой полный и тяжёлый мешок»: каждый фазан весил от двух до трёх пудов.