В 1799 году на пути из Охотска утонул построенный Барановым корабль «Феникс». Погибли 88 человек, в числе которых был и Иоасаф, произведённый в Иркутске в епископы. В этом же году произошло ещё два несчастья: крушение корабля «Северо-Восточный Орёл»; на Ситхе смертельно отравились 115 промышленников. Узнав об этом, Баранов прибыл на небольшом судне «Ольга» на Ситху, где осталось всего 22 человека в окружении воинственных колошей.

В 1802 году колоши напали на русское селение Ситхи, разграбили магазин, сожгли дома и строившееся судно, погибло 20 русских и 130 алеутов. 1 ноября из Охотска пришёл военный бриг «Елизавета», в команду которого впервые были приняты морские офицеры: лейтенант Николай Хвостов и мичман Гавриил Давыдов.

Вот их первые впечатления (описание Г. Давыдова): «Едва успели мы отшвартовать судно, как приехал господин Баранов... Я не мог без некоторого уважения смотреть на человека, посвятившего жизнь свою для приведения в лучшее состояние отраслей торговли... Твёрдость духа его и всегдашнее присутствие разума, суть причиной, что дикие без любви к нему, уважают его, и слава имени Баранова гремит между всеми варварскими народами, населяющими северо-западный берег Америки...» Колоши больше не нападали, а на месте сожжённой крепости Баранов построил Ново-Архангельск, ставший административным центром колонии.

Баранов отправил для охоты у берегов Калифорнии 50 байдар под начальством Сысоя Слободчикова. Этот мореход из Тобольска купил у американцев за 150 бобров небольшую шхуну, которую назвал «Николай», и пошёл с грузом мехов дальше на юг, на Сандвичевы (Гавайские) острова. Команду набрал себе из американцев и гавайцев. Он был первым русским, приплывшим на Гавайи. Не раз зимовавший в суровых условиях на Аляске и на острове Уналашка, Слободчиков остался теперь на зимовку в стране, где не было зимы, на тропических Гавайях, среди вечнозелёных пальм. Он договорился с гавайским королём Тамеамеа о закупках для русских колоний плодов хлебного дерева, сандала и жемчуга.

Именно Сысою Слободчикову посвятил стихи советский поэт Сергей Марков:

И «босой Сысой» привёз Баранову на Ситху королевский подарок — плащ из перьев тропических птиц. Он возвратился в августе 1807 года с почти пятью тысячами бобров. Несколько лет продолжались торговые отношения с Гавайями. Через доктора Г. Шеффера договорились с властителем четырёх островов архипелага об их добровольном вхождении в состав Российской империи. Но Александр I не поддержал эту идею «в избежании важных неудобств» (это было уже в 1815 году, когда русская армия, одолев Наполеона, вернулась из Парижа).

С именем Баранова связано распространение русских в Калифорнии, куда уже начали проникать испанцы из Мексики.

Осенью 1803 года, когда Ситха была ещё в руках захвативших её индейцев-колошей, на Кадьяк пришло англо-американское судно «Бостон» под командованием капитана Окейна. С ним Баранов договорился о продаже на 10 тысяч рублей промысловых товаров. Часть их Окейн получил во время плавания вдоль побережья к югу от Аляскинского залива от русских промышленников, которые сопровождали судно на 20 байдарах, охотясь по пути на «морского зверя». Во главе отряда был поставлен штурман А. Швецов, которому Баранов предписал вести дневник, рассказывая о тех местах, где они будут проходить.

Отряд дошёл до бухты Сан-Диего, 32° 40’ с. ш., где простоял месяца три. Вторично к берегам Калифорнии Швецов подошёл в 1808 году, открыв обширный залив. Он назвал его именем графа Румянцева (теперь — залив Бодега).

Несколько раз, по указанию Баранова, побывал в Калифорнии мореход Кусков. Он обошёл острова Королевы Шарлотты и достиг залива Сан-Франциско. Но ещё раньше, 26 февраля 1806 года, в Калифорнию приплыл русский корабль «Юнона», на борту которого были Николай Хвостов, Гавриил Давыдов и соправитель Российско-Американской компании Николай Резанов, прибывший в Русскую Америку вместе с кругосветной экспедицией Крузенштерна и Лисянского.

(Перед самым выходом судов из Кронштадта умерла жена Резанова Анна (дочь Г.И. Шелихова). Да и самому ему будет суждено скончаться через год в Красноярске на обратном пути в Петербург в возрасте всего 42-х лет).

Русских моряков тепло принял в Сан-Франциско губернатор Калифорнии Хосе де Аргуэлло. Вдовец Резанов сделал предложение его дочери, которой он страстно увлёкся. Состоялась помолвка, договорились о свадьбе по возвращении Резанова... Этому эпизоду посвятил свою поэму Андрей Вознесенский, на основе её создан мюзикл «Юнона и Авось», идущий уже много лет на сцене театра Ленком в Москве. В спектакле представлена лирическая линия истории, но у кораблей «Юнона» и «Авось», да и их капитанов, была трагическая судьба.

Началось с неудачной миссии Резанова в Японию. Он не был принят властями Страны восходящего солнца и уехал в Якутск.

Тендер «Авось» с командиром Г. Давыдовым дожидался «Юнону» в сахалинском заливе Анива. Хвостов привёл её после того, как Резанов сошёл на охотский берег. В соответствии с указанием Резанова Хвостов сжёг японские постройки на берегу Анивы, поднял русский флаг и предъявил старшине посёлка айнов документ о правах России на Южный Сахалин.

В следующем году «Авось» и «Юнона» побывали снова на Сахалине, зашли на Хоккайдо, а на Курилах сожгли японские склады. Но, когда вернулись в Охотск, офицеров арестовали по указанию начальника порта за самоуправство. Им удалось сбежать из-под стражи. В Петербурге они явились с повинной, и их отправили в Финляндию, где шла война со Швецией. Они отважно сражались и были представлены к наградам, но император Александр I распорядился не давать им заслуженные награды, а вместо этого простить своеволие на Сахалине и Курилах.

Офицеры всего лишь выполняли указание Резанова, которого уже не было на свете, подтвердить свою роль в их делах он не мог. Вскоре несчастье постигло и их самих. Ночью, как всегда, разводили мосты на Неве. Офицеры опоздали пройти по мосту. Медленно увеличивался зазор между половинками моста. Им показалось, что можно успеть перепрыгнуть, но было темно, и расчёт оказался ошибочным. Оба офицера сорвались в Неву и погибли.

В те же дни на другом конце России тендер «Авось» разбился на подводных скалах у острова Ситха. Команда спаслась, но корабль погиб.

«Юнону» возглавил ученик штурмана Сергей Мартынов. В 1811 году Баранов отправил «Юнону» с грузом на Камчатку, но ветер не позволил ей войти в Авачинскую гавань и отнёс к Шипунскому мысу.

В 1818—1819 годах Баранов организовал экспедицию Петра Корсаковского и Фёдора Колмакова к берегам Аляски. Мореходы на 20 алеутских байдарах обследовали более 1200 км аляскинского побережья. Они побывали в заливах, бухтах, обошли прибрежные острова, в том числе архипелаг Александра, названный в честь правителя американских колоний России.

1819 год был последним, 28-м годом пребывания Александра Баранова в Русской Америке. Он ушёл в отставку, сдал дела компании и направился на родину, в Санкт-Петербург. На корабле «Кутузов» он доплыл до Малайского архипелага (Индонезия). Как только корабль покинул порт Батавия на острове Ява, где простоял 36 дней, в открытом море у Баранова случился сердечный приступ. Он умер 16 апреля в Индийском океане, неподалёку от острова Принца и был похоронен по морскому обычаю в океанских волнах Зондского пролива. Было ему 72 года.

...Через два года, в 1821 году, помощник Баранова Иван Кусков основал в Северной Калифорнии на 38° 33' с. ш. и 123° 15' в. д. колонию Росс (форт Росс), самый восточный населённый пункт России.