Благодаря связям в кремлевских кругах Войков всплыл на дипломатическом поприще. В октябре 1921 года его назначили главой делегации РСФСР и УССР в смешанной советско-польской комиссии по передаче Польше культурных ценностей, эвакуированных в годы первой мировой войны в Россию.
В октябре 1924 года его неожиданно назначили советским посланником в Варшаву.
Польша в те годы занимала особое положение в ряду стран, с которыми граничил Советский Союз. Кремлевское руководство внимательно наблюдало за событиями в Германии, в которой нарастало революционное движение. Из Москвы в Берлин и обратно постоянно курсировали эмиссары Коминтерна. Следовали они через Варшаву.
Сегодня известно, что были намечены даже члены правительства советской Германии. Ядром немецкого Совнаркома должны были стать Пятаков и Ларин — по хозяйственной линии, Уншлихт, Берзин и Тухачевский — по военной. Ягода и Петере — по линии ГПУ. Подбирались кадры партийных работников, владевших хотя бы немного немецким языком, для переброски в Германию.
Посланником в Польше до назначения Войкова был Леонид Оболенский — из рода знаменитых русских кйязей. Прекрасное образование, европейские языки, светские манеры… Ему протежировал секретарь ЦК РКП(б) Крестинский, которому Оболенский до революции оказывал ряд мелких услуг.
И вот Оболенского сняли, а вместо него назначили новичка-дилетанта. Крестинскому, который пытался вступиться за своего протеже, популярно объяснили: ситуация в Польше такова, что необходимость в посланниках-чистюлях, подобных Оболенскому, отпала, и требуются люди, имеющие опыт боевой оперативной работы. Одной из причин снятия Оболенского было то, что он мягкотело согласился с требованием польских властей о немедленном выезде из Варшавы шестерых работников ГПУ и Разведупра, действовавших под крышей советского посольства. Мол, обстановка, наоборот, требует усиления присутствия этих «посторонних ведомств». А посол должен умело руководить ими.
Аристократ Оболенский с его старорежимными представлениями о дипломатическом этикете явно не годился для той роли, которую отводила ему Москва. Например, в Варшаве русские офицеры-эмигранты избили сотрудника советского посольства Кравченко, по совместительству работника ГПУ. В ответ Москва принимает решение об избиении четырех польских дипломатов. Оболенский получает протест польских властей — Кравченко избивали не поляки, а ваши же русские офицеры-эмигранты, за действия которых власти ответственности не несут. Возмущенный Оболенский сообщает об этом в Москву, поскольку тонкий ум и европейское воспитание не приемлют подобного рода «дипломатических» средств воздействия. В Москве, получив депешу, огорченно восклицают: "Товарищ недопонял… ".
Войков, в молодости прошедший школу боевиков, хорошо знакомый с работой чекистов, для этой роли годится больше. Но почему именно Войков? Он ведь не дипломат.
Официальная Варшава тоже против его назначения, но отнюдь не из-за того, что он не обладает необходимыми профессиональными данными. Польское правительство не соглашается принять Войкова в качестве советского посланника совсем по иным мотивам. Министерство иностранных дел Польши через своего посла в Москве доводит до сведения руководства советского НКИД, что польскую сторону устроила бы другая кандидатура.
Руководитель внешнеполитического ведомства Чичерин настораживается — это уже второй случай отказа Войкову в агремане. Два года назад такое же решение приняло британское правительство, когда в Москве попытались назначить Войкова советским официальным агентом в Канаде.
Чичерин докладывает Политбюро о нежелании Польши иметь у себя представителя советского правительства в лице Войкова. Почему? Чичерин отвечает: польская пресса развернула яростную кампанию против назначения Войкова, и правительство не может не прислушаться к голосу народа.
— С каких это пор польское правительство стало руководствоваться интересами народа? — подал голос Сталин. — Насколько нам известно, правительство Польши — буржуазное… Здесь, наверное, совсем иная причина…
— Причина, Иосиф Виссарионович, в том, что Войков участвовал в екатеринбургском акте, — сказал Чичерин.
— В екатеринбургском? — переспросил Сталин. — А что они увидели здесь предосудительного?
Генсек сделал логическое ударение на слове «они».
— А разве в девятнадцатом веке польские демократы не мечтали вместе с русскими о цареубийстве? Пожалуйста, вот Пушкин: «Самовластительный злодей, тебя, твой трон я ненавижу, Твою погибель, смерть детей со злобной радостию вижу». На эту же тему можно найти и у польских поэтов.
— У Адама Мицкевича, например, — подсказал образованный Чичерин.
— Никаких уступок. Они еще будут указывать нам, кого присылать, — возмутился Молотов.
— Войков, кажется, прямого участия в расстреле бывшего царя не принимал, — заметил Троцкий.
Сталин выслушал мнения других членов Политбюро и подытожил:
— Поручим товарищу Чичерину сообщить польскому министру иностранных дел нашу точку зрения. Форма сообщения — по усмотрению товарища Чичерина. Допускаю, что это может быть его личное письмо.
Чичерин поручение Политбюро выполнил — направил министру иностранных дел Польши графу Скшинскому личное послание, в котором напомнил и стихотворение Пушкина, и стихотворение Мицкевича. Последнее, кстати, на польском языке. Письмо заканчивалось категорическим заверением, что Войков не принимал никакого участия в убийстве семьи Романовых.
Аргументы советского наркома показались Варшаве убедительными, и она согласилась на назначение Войкова посланником. В ноябре 1924 года он уже приступил к своим новым обязанностям. Русская эмиграция в Польше провела серию акций протеста, что спустя три года после расправы с Войковым на перроне Варшавского вокзала дало основание Кремлю заявить о ее причастности к этому теракту.
Акции протеста против назначения Войкова посланником в основном сводились к публикациям в эмигрантской печати и пикетированию у здания советской миссии. Люди держали в руках плакаты, обвинявшие Войкова в расстреле царской семьи.
Войков называл это клеветническими измышлениями.
Однако сегодня на основе рассекреченных документов об убийстве Николая II и его семьи можно сделать однозначное заключение о причастности Войкова к екатеринбургской трагедии.
Конечно, лично он наган к императорскому затылку не приставлял, как и не целился в лоб супруги царя и их детей. Непосредственных исполнителей хватало и без него. Их имена установлены — Юровский, Ермаков, Никулин. Известны и фамилии семерых иностранных наемников, среди которых мадьяр Имре Надь. Возможно, это тот самый венгерский коммунист Имре Надь, повешенный в 1956 году в Будапеште на воротах тюрьмы.
Но и руки Войкова обагрены кровью невинных жертв, хотя при подготовке убийства он отвечал за «хозяйственные вопросы». Свои знания по химии, полученные в Женевском университете, он применил только один раз, и то — при уничтожении трупов! Перед тем, как их сжечь, Войков снял с одного трупа перстень с большим рубином и носил его без зазрения совести.
В архиве следователя Соколова, который первым проводил расследование обстоятельств убийства царской семьи после взятия белогвардейцами Екатеринбурга, сохранилась записка, написанная от руки Войковым: «Предлагаю выдать еще три кувшина японской серной кислоты предъявителю сего. Областной комиссар Екатеринбурга Войков». Тела Романовых плохо горели, и получивший европейское образование химик понял, что запрошенной предварительно серной кислоты недостаточно. Керосина и спирта хватило. Войков предусмотрел даже сукно для заворачивания трупов. Наверное, сказались навыки боевика.
Еще в горбачевские времена был установлен состав комиссии, которая занималась подготовкой убийства царской семьи. Четвертым в списке значился Войков. Комиссия собиралась несколько раз — обсуждался порядок расстрела и способ уничтожения мертвых тел. Вот здесь и были востребованы его химические знания.
Нашлось применение и французскому языку, которому Войков обучался в Женеве.