Для третьего путешествия Колумб сумел снарядить только шесть небольших кораблей. Средства, выделяемые казной, несколько раз направлялись на другие цели. Одной из причин была личная антипатия короля Фердинанда, подогреваемая завистниками и интриганами, которыми всегда изобилуют окружения коронованных особ. По этой же причине вокруг Колумба распространялась «слава» неудачника. В результате охотников отправиться на новооткрытые земли «Западной Индии» становилось всё меньше. Адмирал обратился к королевской чете с новым предложением – заселить новые земли каторжниками, которые пожелают такой ценой купить свободу. С учётом этой публики у Колумба набралось около 300 человек.

Каравеллы третьей экспедиции подняли якоря 30 мая 1498 года. На этот раз маршрут усложнился. Дойдя до Канарских островов, флотилия разделилась на две части: одна продолжила привычный путь к Эспаньоле, а другая взяла курс южнее, чтобы подойти ближе к экватору и следовать вдоль него на запад. В середине июля близость экватора дала о себе знать такой страшной жарой, усиливаемой штилем, что адмиралу казалось – «сгорят и корабли, и люди на них». Наконец, попутный ветер дал людям некоторое облегчение, а кораблям – необходимую скорость. Эскадра двинулась параллельно экватору, севернее его примерно на 9 градусов. И вот 31 июля Алонсо Перес, матрос флагманского корабля, увидел с мачты землю на западе, о чём и оповестил адмирала и команду.

Этому большому острову, который возвышался над гладью океана тремя холмами, Колумб дал имя Тринидад («Троица»). Западнее глазам моряков открывалась обширная земля, которую они посчитали ещё более крупным островом. Первый контакт с аборигенами Тринидада оказался неудачным – не поняв друг друга, стороны обменялись порциями стрел. Попутный ветер помог пройти пролив «Пасть змеи», отделяющий Тринидад от суши, которой было дано название «Остров Грасия». Двигаясь к северу, корабли подошли к его побережью и проследовали вдоль его южного берега. Мореплавателям были хорошо видны тропические деревья, по ветвям которых носилось «много диких обезьян». Но то, что открытая земля является длинным полуостровом, Колумб обнаружил не сразу.

На этот раз контакт с аборигенами был более удачным. «Туземцы… стали подходить к кораблям на бесчисленном множестве каноэ, и у многих висели на груди большие куски золота, а у некоторых к рукам были привязаны жемчужины… Они сказали мне, что жемчуг добывается здесь, именно в северной части этой земли», – записал Колумб. Как позже выяснилось, «северная часть этой земли» есть не что иное, как часть северного побережья Южно-Американского материка. Здесь, продвинувшись южнее, испанцы обнаружили реку, впадающую в океан. Это был западный рукав дельты Ориноко.

От живописных берегов загадочной «Земли Пария», как назвал этот полуостров Колумб, он поспешил к Санто-Доминго. Воспользовавшись попутным ветром, 12 августа адмирал вывел свои корабли из в открытое море. Повернув на запад, он подошёл к группе островов Лос-Тестигос («Свидетели»), на самом большом из которых индейцы занимались ловлей раковин-жемчужниц. Здесь матросы хорошо поживились, получив массу жемчуга в обмен на безделушки. Покидая остров, Колумб дал ему звучное имя Маргарита («Жемчужная»).

Как пишут об этом этапе путешествия авторы пятитомного труда «Очерки по истории географических открытий» И.П. Магидович и В.И. Магидович, большую часть его адмирал проболел, и не поднимался с койки. Среди матросов тоже было немало больных – непривычная жара, влажный климат, быстро портящиеся пищевые припасы делали своё дело. Возможно, именно из-за болезненного состояния адмирала совершенно справедливые выводы, которые он сделал при описании открытых земель, совмещались с фантазией. Колумб описывал земное полушарие, куда он проник, как «половину круглой груши, у черенка которой имеется возвышение, подобное соску женской груди, наложенному на поверхность мяча, что места эти наиболее высокие в мире и наиболее близкие к небу… Я убежден, что эта земля величайших размеров и что на юге есть ещё много иных земель, о которых нет никаких сведений… Оттуда, вероятно, исходят воды, которые… текут в места, где я нахожусь. И если река эта не вытекает из земного рая, то я утверждаю, что она исходит из обширной земли, расположенной на юге и оставшейся до сих пор никому не известной»

20 августа 1498 года южная часть флотилии K°лумба, завершив пересечение Карибского моря, достигла Эспаньолы. Но в отсутствие вице-короля на острове воцарился хаос. Высокомерные идальго, не признававшие власть назначенцев Колумба, подняли вооружённое восстание против его брата Бартоломео и устроили, говоря языком российских газет конца ХХ века, «полный беспредел». Они превращали индейцев в рабов, развлекались, отстреливая их из арбалетов, прибывших из Испании переселенцев изнуряли тяжким трудом на своих плантациях. Во главе мятежников встал некто Ролдан, главный судья этой колонии – «…человек, которого Колумб вывел в люди из ничтожества и который, по обыкновению, совсем забыл об этом», – пишет русский биограф Колумба Я.В. Абрамов.

Колумб бросился усмирять бунтовщиков со всей суровостью, но, увидев, что время упущено и силы неравны, ради прекращения беспорядков вынужден был начать длительные переговоры с Ролданом и, в конце концов, пойти на унизительные для себя соглашения. Каждый мятежник получил большой участок земли под «фазенду» и некоторое количество «душ», то есть индейцев для соответствующих работ. За побег владелец имел право казнить виновного или обратить его в рабство. Этим Колумб официально положил начало распространению системы закрепощения индейцев, позже описанной во многих произведениях художественной литературы.

К этому времени у Колумба объявился удачливый конкурент. Португалец Васко да Гама открыл морской путь в настоящую, не «западную» Индию (1498 г.), и завязал с ней торговлю. Стало окончательно ясно, что Земли, открытые Колумбом, не имели к Индии никакого отношения. Это бы ещё и ничего, но удачливый португалец вернулся на родину с большим грузом пряностей и прочих индийских ценностей. А королевская казна Испании продолжала получать от «Индии» Колумба ничтожные доходы. Сам Колумб оказался в глазах королевского двора обманщиком. Этим воспользовались завистники адмирала. Королевские секретари не успевали ломать печати на пакетах с доносами, в которых «доброжелатели» обвиняли вице-короля в присвоении части королевских доходов. Подоспели и сообщения из Эспаньолы о мятежах и казнях дворян. В 1499 году королевская чета отменила монополию Колумба на открытие новых земель. Этим воспользовались некоторые спутники адмирала, мгновенно перешедшие в стан его противников.

Высочайшим указом на Эспаньолу был направлен с неограниченными полномочиями идальго Франсиско Бовадилья, известный при дворе враждебным отношением к Колумбу. Устные инструкции, полученные от короля, давали Бовадилье право поступить с мятежниками, а заодно и с вице-королём так, как он сочтёт нужным для пользы короны.

Прибыв на Эспаньолу, дон Франсиско Бовадилья воспользовался королевскими полномочиями в полной мере. Колумб вынужден был сдать ему все построенные крепости, корабли, лошадей, продовольственные запасы и всё оружие. Бовадилья поселился в доме Колумба, «приватизировал» все его вещи, а также документы и деньги адмирала. Когда же чрезвычайный уполномоченный выплатил всем колонистам задержанное жалованье и дал разрешение каждому испанцу добывать золото с условием отдавать в казну седьмую часть (вместо прежней трети), он сделался всеобщим кумиром.

Адмирала Колумба и его братьев Бартоломео и Диего наместник арестовал и заковал в кандалы. Проведя длительное следствие, изнурительное физически и унизительное морально для Колумбов, Бовадилья признал адмирала человеком «жестокосердным и неспособным управлять страной» и, не снимая с братьев кандалов, отправил всех троих в Испанию.