В октябре 1938 власти запретили деятельность КПЧ, а в декабре объявили о ее роспуске. Партия перешла на нелегальное положение и продолжала борьбу. В условиях расчленения страны после захвата фашистскими агрессорами чешских земель и установления господства нацистов в Словакии из КПЧ в мае 1939 выделились для обеспечения более оперативного руководства антифашистской борьбой в так называемом Словацком государстве партийные организации словацких областей, организационно оформившиеся в Коммунистическую партию Словакии (КПС). Работу подпольных ЦК КПЧ и ЦК КПС направлял находившийся в эмиграции (в Москве) партийный центр.
Коммунисты были ведущей силой антифашистского Движения Сопротивления в Чехословакии. В освободительной борьбе партия потеряла свыше 25 тыс. коммунистов. Среди погибших — видные деятели партии Я. Шверма , Ю. Фучик , Я. Зика, Э. Урке и другие. КПЧ деятельно участвовала в создании на территории СССР чехословацких воинских частей под командованием Л. Свободы , сражавшихся в составе советских вооруженных сил против фашистских захватчиков. Отстаивая идею необходимости тесного союза с СССР, партия внесла большой вклад в подготовку советско-чехословацкого договора о дружбе, взаимной помощи и послевоенном сотрудничестве, заключённого 12 декабря 1943. Коммунисты возглавили Словацкое национальное восстание 1944 , положившее начало национально-демократической революции в стране, и восстание чешского народа в мае 1945.
Компартия выработала Кошицкую программу , программу первого правительства Национального фронта чехов и словаков, созданного по инициативе КПЧ, и приняла участие в формировании этого правительства (4 апреля 1945). После освобождения Советской Армией с участием чехословацких воинов и партизан территории Чехословакии от фашистских захватчиков КПЧ возглавила борьбу рабочего класса за проведение глубоких социально-экономических преобразований (национализацию основных отраслей промышленности и банков, аграрную реформу, чистку государственных учреждений от предателей и т.д.). 8-й съезд КПЧ (1946) нацелил партию на дальнейшее углубление национально-демократической революции, на ее перерастание в социалистическую революцию. Намеченная съездом политическая линия вела к расширению и укреплению власти рабочего класса, завоеванию большинства народа на сторону компартии. Состоявшиеся в мае 1946 выборы в Учредительное национальное собрание и местные национальные комитеты принесли победу КПЧ, получившей наибольшее число голосов. Правительство Национального фронта возглавил председатель КПЧ К. Готвальд. Под руководством КПЧ трудящиеся нанесли решающее поражение буржуазии, пытавшейся в феврале 1948 совершить контрреволюционный переворот (см. Февральские события 1948 в Чехословакии), и установили диктатуру пролетариата. 9 мая 1948 была принята новая конституция, закрепившая завоевания рабочего класса и всех трудящихся. В июне 1948 состоялась совместная конференция представителей КПЧ и Социал-демократической партии, которая приняла решение об объединении обеих партий на принципах марксизма-ленинизма и на организационной базе КПЧ. В сентябре 1948 было принято решение об организационном объединении КПС с КПЧ. КПС стала территориальной организацией КПЧ, руководствующейся в своей деятельности решениями съездов КПЧ и ЦК КПЧ. 9-й съезд КПЧ (1949) выдвинул в качестве генеральной линии партии курс на построение социализма в стране. 14 марта 1953 партия понесла тяжёлую утрату — умер К. Готвальд. В сентябре 1953 первым секретарём ЦК КПЧ был избран А. Новотный. 10-й съезд КПЧ (1954) подтвердил правильность генеральной линии партии и отметил, что в результате выполнения 1-го пятилетнего плана (1949—53) в стране заложен прочный фундамент социалистического общества, что социалистический сектор стал решающим в экономике страны. Съезд утвердил новый устав КПЧ. Общегосударственная конференция КПЧ (июль 1960) констатировала, что в Чехословакии победили социалистические производственные отношения. Конференция одобрила проект новой социалистической конституции, принятой 11 июля 1960 Национальным собранием.
В ходе социалистического строительства трудящиеся ЧССР под руководством КПЧ достигли больших успехов. В стране создана материально-техническая база социализма. Значительно увеличилось промышленное производство, вырос национальный доход, повысился жизненный и культурный уровень народа. Упрочилось международное положение Чехословакии. Однако в деятельности партии в этот период встречалось немало трудностей, были совершены отдельные ошибки. В частности, имела место переоценка степени развития общества, в руководстве экономикой допускались субъективистские методы, имели место нарушения социалистической законности, не уделялось необходимого внимания идеологической работе партии, что способствовало распространению ревизионистских взглядов и оживлению мелкобуржуазной идеологии. 13-й съезд КПЧ (1966) определил главные направления в преодолении трудностей и решении назревших проблем. Однако тогдашнее руководство ЦК КПЧ не развернуло необходимой работы по реализации решений съезда и не обеспечило своевременного устранения имеющихся недостатков и ошибок, что вело к возникновению кризисных явлений в партии и обществе. Январский (1968) пленум ЦК КПЧ выдвинул требование об устранении всего, что мешало последовательному осуществлению ленинских принципов и дальнейшему развитию социалистического общества, и освободил А. Новотного с поста первого секретаря ЦК КПЧ. Но руководство ЦК КПЧ, избранное на январском пленуме (первый секретарь ЦК — А. Дубчек) в котором взяли верх правые оппортунисты, оказалось неспособным осуществить выбранные задачи и открыло путь для широкого наступления праворевизионистских и антисоциалистических сил против партии и социалистического строя. Прикрываясь демократическими лозунгами о «демократизации», «улучшении» и создании «новой модели» социализма, правые и антисоциалистические силы развернули атаки против марксистско-ленинской линии партии и основ социализма, стремились подорвать дружеские отношения Чехословакии с Советским Союзом и др. социалистическими странами. Образовался политических блок праворевизионистских и антисоциалистических сил, которые при широкой поддержке империалистических стран добивались подрыва руководящей роли и дееспособности партии, разложения органов социалистической власти и повели подготовку политического переворота в стране. К августу 1968 в Чехословакии сложилась контрреволюционная обстановка, угроза делу социализма быстро нарастала. В такой обстановке тысячи коммунистов и беспартийных граждан, в том числе члены ЦК КПЧ и ЦК КПС, члены правительства и депутаты Национального собрания, начали обращаться к руководящим органам братских партий и правительствам союзных социалистических стран с просьбой оказать чехословацкому народу интернациональную помощь в деле защиты социализма. Такая помощь социалистическими странами 21 августа 1968 была оказана. Чехословацкие коммунисты направили свои усилия на развёртывание борьбы против антисоциалистических сил, на мобилизацию рабочего класса и всех трудящихся на защиту завоеваний социализма, на преодоление глубокого кризиса в стране.
Коренной перелом в развитии положения в партии и стране наступил после Апрельского (1969) пленума ЦК КПЧ, избравшего новое руководство КПЧ. Первым секретарём ЦК был избран Г. Гусак . ЦК КПЧ развернул целеустремлённую работу по борьбе с правыми, сплочению партии на принципах марксизма-ленинизма, восстановлению её руководящей роли в обществе. Из рядов партии были исключены главные представители правооппортунистических сил — А. Дубчек, О. Черник, Ф. Кригель, И. Смрковский и др. В КПЧ был проведён обмен партийных билетов, в ходе которого партийные организации очистились от ревизионистов и карьеристов. Важнейшим этапом в деле нормализации обстановки в партии и стране явился декабрьский (1970) пленум ЦК КПЧ, принявший документ «Уроки кризисного развития в компартии Чехословакии и обществе после 13-го съезда КПЧ», в котором дан глубокий анализ причин политического кризиса, а также отмечено, что интернациональная помощь братских социалистических стран была своевременным, «необходимым и единственно правильным решением».
