Так, в результате двух последовательных депортаций, одной в начале царствования Седекии в 597 г. до н. э. и другой в конце 586 г. до н. э., была уведена в плен вся элита. В Вавилоне изгнанники сохраняли сущность иудаизма и развивали ее далее. Первые пять книг Библии (Пятикнижие, или Тора) получили письменную форму, и, по-видимому, также Книга Иисуса Навина.

Однако в Иудее оставшиеся бедные люди, которым не хватало религиозной искушенности, поддерживали яхвизм более примитивного вида. Когда через полвека иудеи начали возвращаться из Вавилона в Иудею, они считали свою собственную развитую версию яхвизма единственной истинной формой и презирали и враждовали с оставшимися в Иудее. Поэтому они с большим трудом смогли восстановить Храм вопреки враждебности местных жителей.

Однако не все иудеи вернулись из Вавилона. Даже после восстановления Храма и стен Иерусалима важные общины иудеев оставались в городах Вавилонии. Они оставались там на протяжении всего библейского периода и долгое время после него. После разрушения Второго храма римлянами в 70 г. Вавилония стала центром еврейской интеллектуальной жизни в течение тысячи лет.

Еврейское сообщество в Вавилонии оставалось важным на протяжении всего периода обновленного персидского господства, которое последовало после упадка Селевкидской империи, и в течение нескольких столетий после завоевания этой области мусульманами-арабами. Только в 1100 г., когда область стала жертвой непрекращающихся гражданских войн и господствующей власти сравнительно нецивилизованных турецких племен, вавилонские центры изучения еврейского языка исчезают, в то время как новые центры появляются в мусульманской Испании.

Поэтому не следует думать о вавилонском плене как просто о паузе и временном эпизоде в еврейской истории. Это имело жизненное значение для развития иудаизма (а также двух религий, произошедших из него: христианства и мусульманства). В некоторых отношениях это было постоянным изгнанием и появлением диаспоры (греческое слово, означающее «рассеяние»). Диаспора (название, данное всем еврейским общинам, пребывающим за пределами Иудеи) продолжает существовать до настоящего времени, уже более двадцати пяти веков после времен Навуходоносора, несмотря даже на восстановление в 1948 г. еврейского государства на земле, которая некогда была Ханааном.

После разрушения Иерусалима Иудея была реорганизована в халдейскую провинцию, над тем, что осталось от Иудеи, был поставлен правитель:

Годолия был сыном того же Ахикама, который в свое время спас Иеремии жизнь. Брат Ахикама и его сын (дядя и двоюродный брат Годолии) были среди тех, кто пытался представить свиток Иеремии вниманию Иоакима.

Очевидно, вся семья Шафана была в большой степени провавилонской и согласна с Иеремией, который безопасность Иудеи видел только в подчинении Навуходоносору. Поэтому Годолия был естественным выбором как правитель.

После падения Иерусалима об Иеремии, как известном представителе провавилонской точки зрения, должен был позаботиться Годолия:

Годолия пытался восстановить порядок и уверить жителей Иудеи в том, что они могли бы жить мирно при Навуходоносоре. К несчастью, на это были возражения:

Мотивы аммонитского царя неясны. Возможно, это просто был шанс завершить разрушение Иудейского царства в вековой памяти длительной враждебности. Возможно, он действовал от имени Египта. Падение Иерусалима могло только умножить происки египтян, чтобы удержать регион в смуте и тем самым связать силы халдеев.

Что касается Измаила, то, возможно, он не нуждался ни в каком особом подстрекательстве. Он описан следующим образом:

Как член царской семьи, он мог желать восстановления царства с помощью Египта и своего собственного помазания на царскую власть.

Очевидно, Годолия был одним из тех благородных людей, которые не могут верить ни в какое зло, и он отказался поверить этому сообщению. Тогда его убили спустя всего лишь три месяца (или, возможно, один год и три месяца), как он вступил в должность.

Это была последняя соломинка, и после произошедшего не было больше никакого шанса для еврейского сообщества на этой земле.

Убийство Годолии сопровождалось общей резней верных ему людей, а те иудеи, которые бежали, должно быть, были уверены в том, что преступные действия Измаила навлекут на них новую беду.

На этот раз казалось весьма вероятным, что Навуходоносор не будет различать виновных от невиновных, но вырежет всех подряд, и, казалось, не было другой альтернативы, кроме как бежать в соседнюю страну, где халдейская сила уже не могла достигнуть:

На пути к Египту они проходили дом Иеремии и спросили у него совета. Иеремия не уклонился от своей провавилонской политики. Он считал, что в Египте будет не более безопасно, чем в Иудее, и, возможно, у него даже была мысль, что бегство в Египет показалось бы Навуходоносору провокацией; это выглядело бы весьма похоже на то, что мы сегодня называем учреждением правительства в изгнании.

Однако вопреки совету Иеремии группа иудеев отправилась в Египет. Фактически они вынудили Иеремию и Варуха сопровождать их.

Этот новый уход иудеев в Египет (подобно легендарному уходу под началом Иакова и Иосифа двенадцать столетий назад) имел важные последствия. Колония в Элефантине, вероятно, усилилась, и там была создана форма яхвизма, у которой был свой храм. Иудеи колонии поклонялись Яхве под именем Яху и некоторые элементы заимствовали из египетской религии. Очевидно, они не осознавали того, как их религиозные обряды отошли от тех, которые были развиты в Вавилоне.