Силы Иуды сами пострадали от многочисленных потерь в борьбе против Никанора, и перед лицом свежего войска Селевкидов и «тори» многие дрогнули. Происходило массовое дезертирство, и Иуда оказался только с оставшимися восьмьюстами человеками.

Благоразумно было бы отступить, но если бы он сделал это, то остался бы без войска. В конце концов лучше уж бесстрашное сражение и вдохновляющая смерть. Именно этот путь он и выбрал. В последовавшем сражении маленькая горстка мятежников отчаянно билась, но явный перевес врага был непреодолим, и фактически они были полностью уничтожены.

Иуда Маккавей погиб вместе с остальными в 160 г. до н. э., через семь лет после того, как его отец протрубил призыв к восстанию.

В связи с гибелью Иуды Селевкиды торжествовали, и Иудея была теперь полностью в руках проселевкидских иудеев:

Однако это поражение не было полным. Димитрий учился на ошибках Антиоха, и законы против иудаизма не были восстановлены; Храм не был снова осквернен. Восстание закончилось политической неудачей, но в религиозном отношении оно было успешным.

Или же было не так? Не могло ли быть так, что там, где сила потерпела неудачу, происходила постепенная ассимиляция, которая могла быть успешной под руководством какого-нибудь первосвященника «тори»?

Однако у иудея не было возможности выяснять правду. Двое из сыновей Маттафии мертвы, павшие на войне против Селевкидов. Осталось трое: старший сын Иоанн, второй по старшинству Симон и Ионафан, пятый и самый младший, который уже проявил талант руководителя и к которому обращались выжившие мятежники в мрачные дни после гибели Иуды, когда селевкидский военачальник Вакхид правил страной через своего марионеточного первосвященника Алкима.

Однако в действительности силы мятежников были в то время слабыми. Они едва ли могли восстать против могущественного Вакхида без чьей-либо помощи. За такой помощью послали к набатским (Nabatean) арабам старшего брата Иоанна, но он был предательски убит ими в 159 г. до н. э., остались теперь только Ионафан и Симон.

Отчаянно сражаясь, они повели свой повстанческий отряд к временному безопасному убежищу через реку Иордан в пустыню Трансиордании:

Но Ионафан, скрывшийся в Трансиордании, предпринимал бесконечные набеги на Иудею и разбивал все посылаемые против него отряды или уклонялся от них. В конечном счете Селевкиды устали от бесконечных мелких стычек, которые отнимали у них энергию и ослабляли их в других более жизненно важных направлениях. Они заключали с Ионафаном соглашение, что позволило ему править Иудеей столько, сколько он поддерживал царство в мире и признавал господство Селевкидов.

Возможно, ситуация была нестабильной, и она продлилась недолго. После того как в течение десяти лет правил Димитрий I Сотер, обладавший относительно небольшими способностями, династические ссоры снова ввергли селевкидскую монархию в хаос:

На самом деле этот Александр был самозванцем темного происхождения, настоящее имя которого было Балас. Он притворился сыном Антиоха IV и, следовательно, братом молодого Антиоха V Евпатора, которого убил Димитрий I.

К счастью для Баласа (более привычно известного нам как Александр Балас), он имел мощную поддержку за границей. Египетский царь Птолемей VI Филометер и новый царь Пергама Аттал II, который в 160 г. до н. э. взошел на престол после своего старшего брата Евмения II, оба поддерживали Александра Баласа. Это было не потому, что они поверили в объявление Баласа себя законным царем, а потому, что они стремились всячески ослабить своего старого врага — Селевкидскую империю.

И Пергам, и Египет были союзниками Рима, а Рим, возможно, теперь помнил, что Димитрий стал царем без его разрешения. Во всяком случае, Рим также оказывал Александру Баласу свою поддержку.

Димитрий впал в отчаяние. Его войска легко могли изменить его восходящей звезде самозванца, а он нуждался в хоть сколько-нибудь надежных людях, которые бились бы на его стороне. А как дело обстояло с теми иудеями, которые сражались под началом Ионафана? Это были свирепые бойцы, и их можно было купить. Возможно, памятуя именно об этом, на пост правителя Иудеи Димитрий назначил Ионафана.

Получив это назначение, Ионафан смог поселиться в Иерусалиме и подавить фракцию проселевкидски настроенных иудеев, которая была у власти начиная со времени смерти Иуды, то есть уже восемь лет.

Чтобы конкурировать с этим, Александр Балас быстро предложил Ионафану пост первосвященника. Это было отступление от сложившейся традиции. До настоящего времени Селевкиды просто утверждали тех первосвященников, которые были назначены иудеями; здесь же было уже прямое назначение Селевкидами. Однако Ионафан не слишком твердо настаивал на этих деликатных пунктах и принял:

Возможно, Ионафан выбрал это время года намеренно, чтобы получить психологическое преимущество, связанное с мессианским пророчеством. За столетие до этого появились некоторые пророческие писания, которые были приписаны более раннему пророку Захарии. В них сказано об идеальном царе, которому все поклонятся в праздник кущей:

Захария, 14: 18. …поразит Господь народы, не приходящие праздновать праздник кущей!

Возможно, Ионафан хорошо знал, что особо благочестивые могли не одобрить первосвященника, который был не от прямой линии более ранних первосвященников и который был всего лишь назначенцем языческого царя. Он мог бы ответить на такие возражения на глазах у всего народа, используя слова Захарии и то, что он открывал новую линию первосвященства, которая должна была продолжиться в течение более века.

Димитрий снова поднял ставки и окончательно предоставил Иудее независимость, добавив к ней Самарию и Галилею. Однако Ионафан остался с Александром Баласом. Либо его негодование против Димитрия как завоевателя Иудеи и угнетателя иудеев было слишком велико, либо, что более вероятно, его трезвая оценка обстановки была такой, что Димитрий вскоре проиграет и его обещания не будут выполнены.

В 150 г. до н. э. Димитрий и Александр Балас наконец сошлись в сражении. Александр добился полной победы, и Димитрий, после двенадцатилетнего царствования, был убит на поле боя. Александр Балас взошел на престол в Антиохии как Александр Епифан.

Александр Балас помнил своих союзников, образовав военный союз с Египтом, женившись на Клеопатре, дочери Птолемея VI. Два царя с большими церемониями встретились в Птолемаиде, и Ионафана также позвали в город, чтобы встретиться с ним. Там он был утвержден в его правлении над Иудеей.

Время «счастливого-конца-для-всех» не могло продолжаться долго. Казалось, что единственное, что может продолжаться вечно, это династическая конкуренция. У покойного царя Димитрия I был сын, еще один Димитрий, который был за границей в изгнании. Теперь он вернулся, а с ним и отряд наемников критян: