История ареста Иисуса и суда над ним в Евангелии от Иоанна в сущности та же, что и в синоптических Евангелиях, но с важным изменением в атмосфере происходящего. Божественный Иисус, изображаемый Иоанном, ни в коем случае не немой и страдающий раб, изображенный Второ-Исайей и синоптическими Евангелиями. Вместо этого Иисус совершенно хладнокровен и всегда контролирует события. Он осознанно идет к своей смерти.

Так, он смело встречает лицом к лицу тех, кто пришел арестовать его, и спокойно объявляет о себе еще до того, как у Иуды появляется возможность указать не него. И когда Пилат спрашивает у него, является ли он Царем Иудейским, Иисус в свою очередь вопрошает Пилата и без труда доминирует в этом обмене фразами:

Так Пилат явно был вынужден признать, что он ничего не знает о деле и что он является просто выразителем интересов еврейских первосвященников. Таким образом, Иоанн, писавший для своей языческой аудитории, делает больше, чем автор любого из синоптических Евангелий (даже Лука), чтобы снять вину за распятие Иисуса с язычников и перенести ее на евреев.

Еще нагляднее это было сделано на более позднем этапе суда, когда Пилат снова задает вопросы Иисусу. Теперь Иисус молчит, и Пилат в отчаянии говорит:

Другими словами, Пилат снова изображен как марионетка, который может делать только то, что он должен делать, в соответствии с римским законом (или с волей Божьей). В любом случае, так как он не обучен Священному Писанию, так как он ничего не знает о Мессии и так как он не слышал проповеди Иисуса, он не мог знать того, что он делает. Великий грех лежит на тех, кто знает Священное Писание, знает о Мессии и слышал об учении Иисуса и, тем не менее, отдал Иисуса на беспощадные жернова римского закона. Выражение «более греха на том, кто предал Меня» подразумевает единственное число и может указывать на первосвященника Каиафу (хотя некоторые предполагают, что имелся в виду Иуда Искариот или даже Сатана).

Если считать, что это выражение относится к Каиафе, то тогда именно еврейская власть, а не римская по-настоящему ответственна за распятие.

Чтобы еще более подчеркнуть это, Иоанн показывает, что Пилат уступил первосвященникам только после политических угроз, которых нет в синоптических Евангелиях, но которые языческая аудитория Иоанна полностью поняла бы:

Другими словами, первосвященники были готовы обвинить Пилата в измене, если он оправдает Иисуса. Обвинение в измене во времена подозрительного императора Тиберия часто было равносильно убеждению.

Первосвященники, националистически настроенные иудеи насмешливо представляют Иисуса толпе как мессианского царя:

Таким образом, они изображаются как целиком отвергающие мессианскую надежду и это, как тщательно выстраивает в повествовании Иоанн, полностью свидетельствует против них.

Версия Иоанна распятия на кресте во многих отношениях отличается от распятия, изображенного в синоптических Евангелиях. Иисус сам несет свой собственный крест. Никто не помогает ему. Унизительные аспекты распятия, в том числе осмеяние толпой, опушены. На месте распятия присутствует мать Иисуса Мария (хотя о ее присутствии не упоминается в остальных Евангелиях), а Иисус ведет себя достаточно хладнокровно и возлагает ответственность за дальнейшую судьбу матери на любимого ученика, который также присутствует там.

Иоанн, подобно Луке, опускает последний крик отчаяния. Такое отчаяние было бы немыслимым в изображенном Иоанном психологическом портрете Иисуса. Вместо этого Иоанн описывает, что Иисус просто возвещает о завершении своей миссии:

В Евангелии от Иоанна приводятся некоторые события, произошедшие после смерти Иисуса, которых нет в синоптических Евангелиях. Иоанн объясняет, что первосвященники хотели, чтобы распятых (Иисуса и двух разбойников) сняли с креста в тот же вечер, чтобы они не осквернили приближающуюся Пасху. По этой причине воинов посылают, чтобы они перебили ноги распятых, чтобы таким образом их можно было умертвить и снять.

Однако очевидно, Иисус умер скорее, чем ожидалось; действительно, достаточно скоро, так что один воин даже заподозрил, что Иисус мог притвориться мертвым:

Иоанн представляет эти подробности, чтобы подчеркнуть очень важный теологический пункт; очевидно, тот, который потом обсуждался некоторыми фракциями среди ранних христиан. Поэтому он решительно защищает истинность того, что он только что сказал:

Затем Иоанн продолжает объяснять значение этого неистово защищаемого описания того, что ноги не были перебиты, а было сделано проткновение копьем:

Первая цитата взята из Псалтыря. В ней восхваляется забота Бога о тех, кто верит в него, имеется стих:

И позже в апокалиптических главах Книги Захарии сделана ссылка на какого-то неизвестного человека, с которым плохо обращались:

Беспокойство о том, чтобы события жизни Иисуса соответствовали различным высказываниям в Ветхом Завете, в действительности не характерно для Иоанна. Он не Матфей, и он не пишет для аудитории Матфея.

Эта ссылка должна пониматься шире. Иисус был распят во время праздника Пасхи, и в начале четвертого Евангелия Иоанн Креститель упомянул об Иисусе как об «агнце Божием». Вот и получается связь агнца и Пасхи.

В наставлениях Бога Израилю в случае первой Пасхи накануне Исхода из Египта Моисею было сказано:

Агнец должен быть пожертвован накануне Пасхи, а его кровью должны быть обмазаны дверные косяки:

Далее в той же главе дается дальнейшее наставление:

Это делается в соответствии с общим правилом, согласно которому все животные, пожертвованные Богу, должны быть в отличном состоянии и без пятен: